****pySCENIC全部往期精彩系列：1、[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYzMzY5Ng==&mid=2247485979...
發(fā)簡信
IP屬地：福建
-
pySCENIC單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子分析更新：數(shù)據(jù)庫、軟件更新 -
敏感性和特異性（sensitivity and specificity）敏感性與特異性敏感性和特異性雖然與查準(zhǔn)率和查全率相似，但并不相同。其定義如下：在癌癥示例中，敏感性和特異性指： 敏感性：在患有癌癥的所有人中，診斷正確的人有多少？ 特異性：在...
-
RPKM、FPKM、TPM詳解
簡寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬映射讀取的rea...
-
34統(tǒng)計(jì)基礎(chǔ)- 分位數(shù)標(biāo)準(zhǔn)化(Quantile Normalization)假設(shè)我們有一些來自微陣列實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù) 如果你不熟悉微陣列，這里有解釋: 微陣列測量樣本中基因的活性。 他們通過測量不同顏色的光的強(qiáng)度來做到這一點(diǎn)。 如果你在一個(gè)實(shí)驗(yàn)中有一個(gè)更好...
-
用Seurat做RNA Velocity安裝加載相應(yīng)的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset, download with ...
-
TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw r...
-
TCGA+biomarker——風(fēng)險(xiǎn)因子關(guān)聯(lián)圖
簡介：風(fēng)險(xiǎn)因子關(guān)聯(lián)圖常見于cox風(fēng)險(xiǎn)比例模型，常見于下圖這種三圖聯(lián)合的展示形式，展示的是由cox風(fēng)險(xiǎn)模型區(qū)分出的高風(fēng)險(xiǎn)和低風(fēng)險(xiǎn)人群在人群比例、生存時(shí)間（生/死）和關(guān)注的基因表...
-
StatQuest學(xué)習(xí)筆記24——RPKM FPKM TPM
前言——主要內(nèi)容 這篇筆記是StatQuest系列筆記的第63節(jié)，這篇筆記跳過59節(jié)，60節(jié)，61節(jié)主要是因?yàn)榈?3節(jié)的內(nèi)容是講RPKM，F(xiàn)PKM和TPM這幾個(gè)概念的區(qū)別，在...
-
單細(xì)胞之軌跡分析-7：Seurat+scVelo軌跡分析系列： 單細(xì)胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.itdecent.cn/p/ee0f7a8e6a06] 單細(xì)胞之軌跡分析-2：mono...
