背景介紹 WGCNA是權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析，是常規(guī)轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的重要分析內(nèi)容之一，能找到與表型相關(guān)聯(lián)的基因模塊，所謂基因模塊其實(shí)就是基因集，不過在WGCNA中是有共...
IP屬地：吉林
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使用WGCNA分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（懶人版） 2023-05-18
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SCENIC/pySCENIC分析補(bǔ)充+小鼠數(shù)據(jù)示例2022-12-14
適用背景 之前寫了兩篇博客（四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06[http://www.itdecent.cn/p/71...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)模式聚類-Mfuzz包 2022-12-06適用條件和背景 Mfuzz包最初是為了研究具有時(shí)間序列特征的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)中基因或蛋白表達(dá)的時(shí)間趨勢的一個(gè)工具包，能將具有相似表達(dá)模式的基因或蛋白進(jìn)行軟聚類，從而可以了解...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
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單細(xì)胞差異基因可視化|Seurat和scanpy提取細(xì)胞簇主要差異基因(DEG)并繪制氣泡圖1.背景 單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析在進(jìn)行完細(xì)胞自聚類或者細(xì)胞類型注釋后，一般需要對查到的差異基因可視化，用來顯示基因和細(xì)胞群的相關(guān)性，進(jìn)行后續(xù)分析。當(dāng)然Seurat和scanpy本身可...
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biomaRt多個(gè)物種同源基因一步轉(zhuǎn)換 2022-08-30適用背景 之前寫了一篇跨物種同源基因轉(zhuǎn)換[http://www.itdecent.cn/p/abf5138e3757]的文章，里面用到biomaRt這個(gè)包，但是這個(gè)包只能對...
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Linux系統(tǒng)的Shell腳本傳參（bash）2022-08-25
Shell傳參快速使用腳本 簡便版 進(jìn)階版 getopt方法 getopts方法 做生信一般都繞不開Shell腳本編寫，如果腳本可以傳參就能實(shí)現(xiàn)大批量任務(wù)投遞，而且也可以通過...
