先來個(gè)簡(jiǎn)單的，之前有小伙伴咨詢一篇Cell文章中的餅圖，展示的是celltype比例，其實(shí)之前我們寫過很多展示細(xì)胞比例的圖，這里復(fù)現(xiàn)這個(gè)3D版的正好彌補(bǔ)我們沒有介紹過3D餅圖...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：重慶
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復(fù)現(xiàn)Cell圖表（片尾彩蛋）：3D餅圖展示細(xì)胞比例 -
Bulk RNA(普通轉(zhuǎn)錄組)多組差異基因分析函數(shù)最近好幾個(gè)小伙伴都在用我們之前的一個(gè)bulk RNA多組差異分析函數(shù)(重啟之普通R轉(zhuǎn)錄組分析(3)：寫一個(gè)通用的Deseq2多組差異分析函數(shù)[http://mp.weixin...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析之DoubletFinder去除雙細(xì)胞單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，因?yàn)槠浼夹g(shù)原因，在很多時(shí)候，會(huì)造成雙細(xì)胞的情況，一般我們進(jìn)行基礎(chǔ)的質(zhì)控之后，好點(diǎn)的數(shù)據(jù)是沒有問題的。目前也有很多算法進(jìn)行雙細(xì)胞的預(yù)測(cè)，但是一定要注意，無論是哪種...
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?；鶊D+氣泡圖展示富集分析結(jié)果有小伙伴發(fā)了一張圖，是關(guān)于富集分析的，只不過展示和我們之前的不太一樣，是?；鶊D+氣泡圖的形式，特點(diǎn)就是GO terms和其對(duì)應(yīng)的關(guān)鍵基因用?；鶊D展示，GO結(jié)果用氣泡圖展示。這...
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單細(xì)胞多組差異基因展示及基因標(biāo)注函數(shù)參考鏈接：https://www.bilibili.com/video/BV1ch4y1P7yS/?spm_id_from=333.999.0.0&vd_source=05b...
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marker基因注釋熱圖可視化函數(shù)（視頻教程-通用函數(shù)）這里我們分享一個(gè)熱圖函數(shù)，是一個(gè)可視化的函數(shù)，您只需要提供作圖的matrix數(shù)據(jù)即可。最近對(duì)于圖形注釋使用點(diǎn)比較上頭，所以我們這個(gè)函數(shù)的列注釋使用設(shè)置的·是點(diǎn)的注釋形狀。我們...
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Complexheatmap做熱圖之設(shè)置不一樣的注釋效果這里要寫的這個(gè)熱圖主要是為了解決一個(gè)問題，就是關(guān)于熱圖的注釋。而很多文章中的熱圖也是這種形式，可能是有PS，但是我們還是可以使用函數(shù)代碼實(shí)現(xiàn)，所以這里我們寫一下。 參考鏈接：...
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單細(xì)胞marker基因展示值等高線密度圖之前一個(gè)圖的做法，是一篇《cell reports》上的文章，展示marker基因的表達(dá)的時(shí)候，添加上了等高線密度圖，（參考：?jiǎn)渭?xì)胞marker基因可視化的補(bǔ)充---密度圖與...
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專治療懶?。篏O、KEGG富集分析一體函數(shù)
之前我們寫過GO、KEGG的富集分析，,演示了差異基因KEGG或者GO的分析流程。其實(shí)差異基因的富集分析輸入的文件只需要一組基因就可以了。所以我們發(fā)揮了專治懶病的優(yōu)良傳統(tǒng)，將...