許多人問，為啥地?zé)嵯到y(tǒng)這么貴，實(shí)際上我們不必一定搞貴的，接下來我告訴你如何自制地?zé)嵯到y(tǒng)，而效果如同專業(yè)安裝的。 你需要的技能：1. 水管安裝 2. 挖掘能力（挖坑） 地?zé)嵯到y(tǒng)...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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DIY 地?zé)嵯到y(tǒng) -
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P(Genotype|Data)是如何計(jì)算的？
HaplotypeCaller是怎么計(jì)算PL的？（VCF解密）
寫在前面 PL是HaplotypeCaller等GATK變異檢測軟件在sample層面給出的注釋，一般記錄在VCF文件的FORMAT/sample一欄中。它代表了根據(jù)某位點(diǎn)變...
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htslib 的使用( C++ 處理BAM文件）
背景 在處理NGS 數(shù)據(jù)時(shí)，尤其是突變的檢測。我們需要對bam 文件進(jìn)行讀寫。 目前有相對方便的庫 pysam 和 htsjdk ，這兩個(gè)庫提供的api 可以方便python...
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個(gè)人博客: xuzhougeng.top (隨緣訪問)
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但是，貌似qualimap 對 比較大的bam， 速度奇慢。
比對文件BAM/CAM深度檢測好用工具：Mosdepth
做完比對后，最直接的一個(gè)問題就是想知道：你的reads比對上了哪些區(qū)域沒比對上哪些區(qū)域，有多少reads比對上特定的區(qū)域(該區(qū)域比對深度)。傳統(tǒng)手藝一般可以使用bedtool...
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西澳大學(xué)生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因組與群體基因組學(xué)的挖掘<br><br>簡信不回答問題，有問題發(fā)至<br>lakeseafly50@gmail.com
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-subject_besthit 此參數(shù)確定你能輸出 最有的一條嗎？ 因?yàn)橹暗腷last結(jié)果，總是有bug， 總是不能輸出最優(yōu)的一條， 我在github中見到過此issue
linux BLAST序列比對 （nt/nr庫）
安裝本地blast序列比對軟件，我們可以搜索一個(gè)查詢序列定制數(shù)據(jù)庫，例如想研究一個(gè)新測序的基因組，或者感興趣的一組蛋白質(zhì)序列。有時(shí)我們希望把程序插入到一個(gè)流程中，例如搜索一個(gè)...
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P(Data | Genotype) 寫反了吧， 官網(wǎng)是P(Genotype|Data)
HaplotypeCaller是怎么計(jì)算PL的？（VCF解密）
寫在前面 PL是HaplotypeCaller等GATK變異檢測軟件在sample層面給出的注釋，一般記錄在VCF文件的FORMAT/sample一欄中。它代表了根據(jù)某位點(diǎn)變...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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優(yōu)美勝于丑陋，明了勝于晦澀，簡潔勝于復(fù)雜。<br>復(fù)雜勝于凌亂，扁平勝于嵌套，間隔勝于緊湊。
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北京基因組所研究生<br><br>Focus on Bioinformatics and Machine-Learning<br><br>Follow me on Github: <a href="https://github.com/Ming-Lian" rel="nofollow" target="_blank">https://github.com/Ming-Lian</a><br><br>跳出局部最優(yōu)，搜索全局最優(yōu)
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