記錄下braker2的使用要點，以備忘記。 流程使用 braker2有很多流程，根據(jù)你的數(shù)據(jù)：組裝的基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白（同源，包括近緣或遠緣）選擇不同流程，官網(wǎng)有說明：ht...
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【基因組預測】braker2基因結(jié)構(gòu)注釋要點記錄 -
使用BRAKER2進行基因組注釋
使用BRAKER2進行基因組注釋 BRAKER2是一個基因組注釋流程，能夠組合GeneMark，AUGUSTUS和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。 在使用軟件之前，有幾點需要注意下 盡量提供高質(zhì)...
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braker2注釋流程
一： 軟件安裝 由于BRAKER2: 依賴AUGUSTUS 3.3, GeneMark-EX 4.33, BAMTOOLS 2.5.1, NCBI BLAST+ 2.2.31...
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生信log22|CGviewer升級啦-交互式操作畫基因組Circos圈圖（使用和評價）用Circos華麗地展現(xiàn)基因組信息，能給論文的錦上添花。很多做基因組分析的文章必有一個點就是展示基因組的圈圖，目前的去比較好實現(xiàn)這種可視化的一般依靠perl語言（最原始的版本...
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EVM 對預測結(jié)果進行整合
從頭預測，同源注釋和轉(zhuǎn)錄組整合都會得到一個預測結(jié)果，EVidenceModeler(EVM) 可以對上述結(jié)果進整合 軟件安裝 使用流程 所需數(shù)據(jù) gene_predictio...
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使用TEclass對TE一致性序列進行分類軟件安裝 軟件地址在http://www.compgen.uni-muenster.de/tools/teclass/index.hbi?, 由于TEclass這個軟件已經(jīng)許...
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「基因組注釋」使用RepeatModeler從頭注釋基因組的重復序列
RepeatModeler可用來從頭對基因組的重復序列家族進行建模注釋，它的核心組件是RECON和RepatScout。 使用方法 以擬南芥的參考基因組為例，假設(shè)基因組的名字...
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給裝不上PASA的人的一劑良藥
筆者試了幾天，死活裝不上PASA，幾乎絕望了，幸好在PASA的官網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)可以用docker來安裝，太高興了。貌似國內(nèi)沒有教程，寫一下吧。官方鏈接在此[https://gith...
