前言及背景 什么是基因組de?novo測序？其是對某一物種進(jìn)行高通量測序，利用高性能計(jì)算平臺和生物信息學(xué)方法，在不依賴于參考基因組的情況下進(jìn)行組裝，從而繪制該物種的全基因組序...
發(fā)簡信
IP屬地：北京
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一個高雜合真菌基因組組裝腳本（改代碼版）
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基因組組裝----SPAdes(一)
關(guān)于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.itdecent.cn/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結(jié)果整體不...
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WGCNA構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)一這次用的數(shù)據(jù)是幾百個小鼠性狀的數(shù)據(jù)。 一：安裝 打開Rstudio 二：運(yùn)行 1.構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò) 2.尋找最佳 β 首先確定sftpowerEstimate = 6。還有ne...
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fastQC對RNA-seq質(zhì)控
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安裝 1. 下載fastqc安裝包（http://www...
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（1）ATAC-seq和RNA-seq聯(lián)合分析——原始數(shù)據(jù)的獲取
前言 以這篇文章 Chromatin Accessibility-Based Characterization of the Gene Regulatory Network ...
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FastQC處理二代測序原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量結(jié)果解讀當(dāng)二代測序的原始數(shù)據(jù)拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的質(zhì)量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...
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自己構(gòu)建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進(jìn)行富集分析時，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上沒有物種包OrgDb，利用網(wǎng)上教程構(gòu)建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下?。?！ emapper首先得到注釋...
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2019年第48周：年度總結(jié)鍥子 去年是2018年第44周：策劃時開始著手年度總結(jié)的，相比之下，2019年晚了整一個月。最近幾日，心里也是頗不寧靜，尋尋覓覓的，好像一下子找不到存在的價值了。在今年元旦的...
個人介紹
就讀于中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院，做大型真菌遺傳育種的研究，自學(xué)了一些生物信息學(xué)的知識，記錄一些日常有意思的工作。