這一個分析,我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章,都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度,我參與的課題...
這一個分析,我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章,都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度,我參與的課題...
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖。 3.將RNA velocit...
關(guān)于ATAC-seq分析,在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯,寫的很好:ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦(Genome Biology綜述)ATAC-seq生信分析綜...
劉小澤寫于19.9.2-第三單元第七講:使用scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2筆記目的:根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在:h...
image Monocle2使用反向圖嵌入(Reversed Graph Embedding)的機(jī)器學(xué)習(xí)算法,來對單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析。Mono...
前情提要:AUCell:在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中識別細(xì)胞對“基因集”的響應(yīng)[http://www.itdecent.cn/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
作者:yuanzan鏈接:dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來源:微信公眾號著作權(quán)歸作者所有,任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
作者:seqyuan鏈接:單細(xì)胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源:微信公眾號著作權(quán)歸作者所有,任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀組學(xué)等單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)...
擬時(pseudotime)分析,又稱細(xì)胞軌跡(cell trajectory)分析,通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程,在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...