這一個分析，我目前只在Nature Communications上面看到過兩篇文章，都是2020年發(fā)表的。腫瘤進(jìn)化是單細(xì)胞里面做腫瘤內(nèi)部異質(zhì)性一個比較創(chuàng)新的角度，我參與的課題...
發(fā)簡信
IP屬地：福建
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單細(xì)胞分析實錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進(jìn)化
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在原有的UMAP上標(biāo)注RNA velocity
1.讀入RNA velocity的loom文件,并提取spliced文件和unspliced文件 2.提取原有的用seurat做的UMAP的圖。 3.將RNA velocit...
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使用HINT-ATAC進(jìn)行ATAC-Seq的footprinting分析關(guān)于ATAC-seq分析，在網(wǎng)上看到兩篇關(guān)于同一片綜述的翻譯，寫的很好：ATAC-seq數(shù)據(jù)分析工具的比較和推薦（Genome Biology綜述）ATAC-seq生信分析綜...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-18-scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2劉小澤寫于19.9.2-第三單元第七講：使用scRNA包學(xué)習(xí)Monocle2筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：h...
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Monocle2包學(xué)習(xí)筆記（三）：Constructing Single Cell Trajectories
image Monocle2使用反向圖嵌入（Reversed Graph Embedding）的機(jī)器學(xué)習(xí)算法，來對單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行單細(xì)胞發(fā)育軌跡推斷分析。Mono...
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GENIE3 || 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷前情提要：AUCell：在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中識別細(xì)胞對“基因集”的響應(yīng)[http://www.itdecent.cn/p/2fb20f44da67]RcisTarget || ...
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單細(xì)胞軌跡推斷分析（擬時間分析）dyno使用教程作者：yuanzan鏈接：dyno使用教程--1個R包實現(xiàn)59種單細(xì)胞軌跡推斷分析)來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 在上一期的《單細(xì)胞軌跡分析...
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單細(xì)胞軌跡（擬時間）分析軟件方法選擇指導(dǎo)原則作者：seqyuan鏈接：單細(xì)胞軌跡分析知多少--擬時間分析比較來源：微信公眾號著作權(quán)歸作者所有，任何形式的轉(zhuǎn)載都請聯(lián)系作者。 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀組學(xué)等單細(xì)胞技術(shù)的發(fā)...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發(fā)育過程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
