這是ggplot2可視化專題的第二個(gè)實(shí)例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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單/多個(gè)基因在組間同時(shí)展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點(diǎn)圖拼圖繪制 -
2、RNAseq(2)--測(cè)序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測(cè)序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對(duì)這些壓縮格式進(jìn)行解壓操作 解壓好的文件即正...
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GO和KEGG富集分析（非模式生物GO和KEGG注釋）
GO和KEGG富集分析是生物信息分析中常用的一種分析，針對(duì)不同的物種，大概整理了一下，我將其分成四類。 1. 人和小鼠等模式生物 最常用的就是clusterprofiler，...
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2020-12-17水稻、小麥GO富集分析RNAseq常規(guī)做法是先篩選出差異表達(dá)基因，然后針對(duì)篩選出來的差異基因做GO富集分析。 1.水稻、小麥GO信息提取 在進(jìn)行GO富集分析前首先要確定在你所使用的GO富集分析軟件...
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GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖前面給大家簡(jiǎn)單介紹過?什么是Gene Ontology(GO)[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.co...
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R語言：gggenes在基因組中畫基因箭頭圖導(dǎo)讀 gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'。 Github：gggens[https://github.com/wilkox/...
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【Bioconductor系列】如何用Bioconductor對(duì)基因組注釋
這一次，我們來聊聊基因組注釋。首先問自己一個(gè)問題，為什么要進(jìn)行基因注釋。就我目前而言，它用來解決如下問題： 在mapping-by-sequencing的時(shí)候，我找到了一些可...
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基因家族分析(3) ggplot2繪制基因結(jié)構(gòu)圖本節(jié)我們繼續(xù)來進(jìn)行基因家族數(shù)據(jù)可視化的第3節(jié)教程，通過ggplot2繪制一個(gè)富有美感的基因結(jié)構(gòu)圖&蛋白保守結(jié)構(gòu)域圖，喜歡的小伙伴歡迎關(guān)注，多多支持，原文鏈接：https://...
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ASV和OTU有什么不同？哪個(gè)更好？遇到了一個(gè)16S的課題，于是開始認(rèn)真學(xué)習(xí)ASV和OTU的差別，順手整理一下。 擴(kuò)增子測(cè)序和鳥槍法測(cè)序已經(jīng)成為微生物組領(lǐng)域最常見的研究手段。盡管鳥槍法測(cè)序可以為我們提供更高分辨...
