適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]，但生成的結(jié)果沒有進(jìn)行可視化，...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08 -
安裝pySCENIC報(bào)錯(cuò)安裝pySCENIC報(bào)錯(cuò)：AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'object'. 剛開始安裝pySCENIC的代碼...
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三種空間組學(xué)數(shù)據(jù)類型的讀取你是否為各種各樣的空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)類型而眼花繚亂？你是否想要復(fù)現(xiàn)文章中的分析而倒在了數(shù)據(jù)讀入？你是否希望學(xué)習(xí)空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析卻又無從下手？今天，我們就和大家一起來學(xué)習(xí)多種類型...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析之Pandohello，又是新的一周，我們又要開始分享一些前言的內(nèi)容了，大家一定要與時(shí)俱進(jìn)，不要裹足不前。 今天的內(nèi)容是分析單細(xì)胞或者空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析,這個(gè)方法需要用到scR...
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10X單細(xì)胞空間聯(lián)合分析之cell2location的詳細(xì)梳理又是周五，馬上元旦，不知道大家打算怎么跨年呢？但是，今天還是工作日，我們還是要學(xué)習(xí)學(xué)習(xí)，不負(fù)韶華。 這一篇還是想詳細(xì)梳理一下cell2location，包括算法以及代碼的寫法...
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Seurat: 修改 active.ident
1. Seurat 自帶方法 Idents(Seurat_object) <- "Column_name_in_metadata" 2. 自己寫的方法
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單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞
公眾號后臺回復(fù)20210418，獲取本文的測試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.itdecent.cn/p/c01f56b...
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Seurat包之導(dǎo)入單細(xì)胞數(shù)據(jù)方式匯總挖掘公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)集時(shí)，會(huì)遇到常見各種單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)格式?，F(xiàn)總結(jié)如下，方便自己日后調(diào)用，以創(chuàng)建Seurat對象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
