你好，我做的是某個屬內(nèi)的種間差異，然后某個種的PGAwarning提示rps19內(nèi)含子里有終止子，該基因未注釋出來，同樣geneious也未注釋出來，同參考相比呢就缺失這個基因，要怎么將這個基因的注釋添加上去呢？之前屬內(nèi)其它種注釋沒出現(xiàn)這個情況呢 ，知道的話可否告知，謝謝了??
葉綠體基因組注釋軟件PGA使用說明PGA-Plastid Genome Annotator[https://github.com/quxiaojian/PGA] Qu X-J, Moore MJ, Li D-...
@wangsb_2020 腳本運(yùn)行Raxml可以設(shè)置外類群嗎 怎么弄呢
使用modeltest-ng和raxml-ng構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)育樹雖然簡單，但絕對首發(fā)……該給自己的系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建流程升級了，新版本軟件不僅速度快，而且對用戶友好！ modeltest-ng 的速度是真的飛快！modeltest-ng 和 r...
@bettermaan 可以具體問一下操作步驟嗎 我用mafft比對之后，RAXML腳本建樹，出現(xiàn)某條序列中存在標(biāo)點(diǎn)，不知道怎么該，fasta文件用于建樹的。
三種方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 學(xué)習(xí)筆記所用數(shù)據(jù)為一個屬內(nèi)不同種不同群體的葉綠體基因組序列，數(shù)量為80條。 發(fā)現(xiàn)用全長序列建樹的時候，不適合選用太多外類群，否則ML法中會導(dǎo)致屬內(nèi)分枝的枝長特別短。原因應(yīng)該是基因間隔...
我的分析數(shù)據(jù)和你的類似，請問ML你采用了哪種軟件？
??
三種方法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 學(xué)習(xí)筆記所用數(shù)據(jù)為一個屬內(nèi)不同種不同群體的葉綠體基因組序列，數(shù)量為80條。 發(fā)現(xiàn)用全長序列建樹的時候，不適合選用太多外類群，否則ML法中會導(dǎo)致屬內(nèi)分枝的枝長特別短。原因應(yīng)該是基因間隔...
paup運(yùn)行添加模型的nex文件，一致跑不出來是否是paup軟件問題，后續(xù)提示error
Mrmodeltest和paup不關(guān)聯(lián)
使用MrBayes軟件構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的一個小實(shí)例本文的內(nèi)容主要參考文章 《系統(tǒng)發(fā)育分析之BI篇（By Raindy）》 本次實(shí)例所用到的數(shù)據(jù)為8個蘋果屬植物完整的葉綠體基因組序列加一個 Aphananthe aspera（...
構(gòu)建全基因組的MLtree可以用你的命令嗎 你的是girhub下載下來裝在ubuntu了嗎
使用modeltest-ng和raxml-ng構(gòu)建ML系統(tǒng)發(fā)育樹雖然簡單，但絕對首發(fā)……該給自己的系統(tǒng)發(fā)育構(gòu)建流程升級了，新版本軟件不僅速度快，而且對用戶友好！ modeltest-ng 的速度是真的飛快！modeltest-ng 和 r...
@牧羊的男孩兒 好的 那你試過Dnasp 做sliding window 分析嗎 我想問一下操作步驟
讀文章重復(fù)結(jié)果：使用DnaSp軟件計(jì)算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)葉綠體基因組的文章中通常會有一小部分內(nèi)容是運(yùn)用DnaSp軟件來進(jìn)行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長時間了，今天終于重復(fù)出了結(jié)果，簡單記錄自己的重復(fù)過程： 論文：comp...
請問如何將多條序列導(dǎo)入進(jìn)行一起比對 導(dǎo)入一條會提示無法DNA Polymorphism
讀文章重復(fù)結(jié)果：使用DnaSp軟件計(jì)算核苷酸多態(tài)性Pi(nucleotide diversity)葉綠體基因組的文章中通常會有一小部分內(nèi)容是運(yùn)用DnaSp軟件來進(jìn)行核苷酸多態(tài)性π分析，斷斷續(xù)續(xù)看了也好長時間了，今天終于重復(fù)出了結(jié)果，簡單記錄自己的重復(fù)過程： 論文：comp...
