@林心青石 豐度（百分?jǐn)?shù)）是自己寫(xiě)的，但是你如果要對(duì)比可以用kraken2的-use-mpa-style輸出metaphlan的格式然后合并，這樣就可以直接對(duì)比看了
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
1. 你可以確認(rèn)下你用的數(shù)據(jù)庫(kù)是不是夠全；
2. 宏基因組未分類(lèi)的比例一般都挺高的，也有可能跟你的樣本有關(guān)。
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
這也是一種豐度，不過(guò)分母是你輸入的總數(shù)據(jù)量，如果符合你的設(shè)定也是可以的；但是要注意下unclassified占比是不是高，要不豐度整體偏低。
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
是不是你命令有問(wèn)題，如果方便可以貼圖上來(lái)看看
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
可能我沒(méi)太明白你問(wèn)題，這些都是在shell腳本
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
@浪客劍心_90d1 這是你下載的db下沒(méi)有原始fa序列，可以換成第二種或第三種下載方式
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
https://github.com/jenniferlu717/KrakenTools
這里可以下載，可以試試
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
是的，reads數(shù)目；除以樣本總reads數(shù)也是一種豐度計(jì)算方法；我常用的計(jì)算方法如下：
1. 先將不同分類(lèi)（門(mén)、綱、目、科、屬、種）水平拆分開(kāi)；
2. 計(jì)算每個(gè)分類(lèi)水平物種的other，例如A屬（G）有n條reads，共鑒定出A_1（n_1條reads）和A_2（n_2條reads）兩個(gè)種（S），那A_other = n-（n_1+n_2）;
3. 再計(jì)算每個(gè)分類(lèi)水平的總other，為樣本總reads減去當(dāng)前分類(lèi)水平的所有reads的和（包括每個(gè)物種的other）；
4. 然后再每個(gè)分類(lèi)水平均一化一下就可以了；
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
可以，-use-mpa-style就是metaphlan2格式
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
@生信記 更正下不加是樹(shù)狀結(jié)構(gòu)，上文“結(jié)果展示”是加了--use-mpa-style參數(shù)的結(jié)果樣式
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
有的，上文也有寫(xiě)
conda install -y bracken
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
--use-mpa-style這個(gè)是report的輸出格式不同，可以加上和不加上看下report的格式，不加是一個(gè)樹(shù)狀的結(jié)構(gòu)的結(jié)果，不加就是上文提到的結(jié)果。
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
自己頂一下
Kraken2+Bracken1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
1. 簡(jiǎn)介 Kraken2是一個(gè)基于k-mer算法的高精度宏基因組序列分類(lèi)軟件，能夠快速的將測(cè)序reads進(jìn)行物種分類(lèi)。 Kraken2官網(wǎng)[http://ccb.jhu.e...
