流行病學(xué)研究常見的分析就是相關(guān)性分析了。 相關(guān)性分析某種程度上可以為我們提供一些研究思路，比如缺乏元素A與某種癌癥相關(guān)，那么我們可以通過補(bǔ)充元素A來減少患癌率。這個(gè)結(jié)論的大前...
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有相關(guān)性就有因果關(guān)系嗎，教你玩轉(zhuǎn)孟德爾隨機(jī)化分析（mendelian randomization ）
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一文理清常見的基因富集分析
前言 對(duì)于很多小伙伴來說，剛?cè)胧稚艜r(shí)接觸最多的就是差異分析，即在基因組層面可以算突變率差異，轉(zhuǎn)錄組層面可以算基因表達(dá)水平差異，表觀組可以觀察甲基化水平差異，蛋白質(zhì)組/代謝組...
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如何用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量腫瘤浸潤(rùn)免疫細(xì)胞有哪些方法可以用于評(píng)判腫瘤免疫浸潤(rùn) 方法很多，這里先選個(gè)簡(jiǎn)單一點(diǎn)MCPcounter，GEO和TCGA數(shù)據(jù)都可以分析，更重要的是因?yàn)榘伟俨?. = MCPcounter 加...
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R數(shù)據(jù)分析：tableone包的詳細(xì)使用介紹
tableone是幫助我們快速生成文章中table1表格的一個(gè)包，通常來說一篇SCI文章的第一個(gè)表都會(huì)給出樣本的基線情況。而tableone就是可以幫我們快速地匯總描述所有樣...
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19種回歸分析你知道幾種呢？只要學(xué)習(xí)過數(shù)據(jù)分析，或者對(duì)數(shù)據(jù)分析有一些簡(jiǎn)單的了解，比如使用過SPSSAU、SPSS這些統(tǒng)計(jì)分析軟件，都知道有回歸分析。按照數(shù)學(xué)上的定義來看，回歸分析指研究一組隨機(jī)變量(Y1...
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批量處理——基因與免疫細(xì)胞的相關(guān)性循環(huán)作圖相比于網(wǎng)頁工具，使用編程語言處理科研數(shù)據(jù)的一大優(yōu)勢(shì)，在于高度的定制化，以及批量處理數(shù)據(jù)的快捷性和高效性 目錄批量處理——for循環(huán)批量計(jì)算組間差異[https://www.j...
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臨床生信文章普遍存在的兩個(gè)統(tǒng)計(jì)問題
臨床預(yù)后模型，大多包含風(fēng)險(xiǎn)分層和獨(dú)立預(yù)后分析兩個(gè)驗(yàn)證分析，而很多文章在兩個(gè)分析上存在不嚴(yán)謹(jǐn)。下面介紹一些分析的關(guān)鍵點(diǎn)。 1. 風(fēng)險(xiǎn)分層與cutoff 一般而言，預(yù)后模型會(huì)有訓(xùn)...
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量化免疫浸潤(rùn)時(shí)CIBERSORT的注意事項(xiàng)CIBERSORT的注意事項(xiàng) CIBERSORT的使用，我們舉了幾個(gè)例子，但是還有一些疑問，只要有疑問在，就感覺心里不踏實(shí)。比如：1.CIBERSORT需要什么樣的數(shù)據(jù)？是芯...
