最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，雖然具體還有好多需要微調的地方，先把代碼整理分享出來mark一下 前期準備 1.理論知識 強烈推薦百邁客云課堂課程GWAS生...
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跑通GWAS，用這些腳本就夠了 -
SRA 數據下載自救指南還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過用wget 下載數據經常下載不完整？用了官方的下載工具還是慢的不行？這里有一個SRA 下載自救嘗試指南供你參考。 需要用到...
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ChIP-seq詳細分析流程參考生信技能樹1以及生信技能樹2只記錄從數據下載，到最終結果展示，具體生物學知識請自行查閱稍后關于ChIP-seq的背景知識我會再發(fā)布一篇文章。數據下載：數據存放地址關于環(huán)境...
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測序數據質控和預處理之fastp
1. 引言 下機的FASTQ數據通常需要進行質控和預處理，以保證下游分析輸的準確性。fastp軟件僅掃描數據文件一次，就可以完成FASTQC + cutadapt + T...
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GWAS 總體流程理解版
自己找了一些文章和視頻，先總結了一部分，后面再做補充和實操 一. 相關概念理解 （1）GWAS： 全稱“全基因組關聯分析”，使用統計模型找到與性狀關聯的位點，用于分子標記選擇...
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使用trim_galore對數據進行質量控制-過濾寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.itdecent.cn...
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FastQC數據質控報告的詳細解讀
Basic Statistics 基本信息 Encoding: 測序平臺編號，現在Sanger/ Illumina 1.8以上都是Phred 33編碼 Total sequ...
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FastQC質控報告解讀一般FastQC分析結果產生有2種類型的文件，一種.zip，一種.html。直接點擊.html文件，即可在瀏覽器中查看質控結果報告。 Summary 首先是Summary，這...
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GEO上都是芯片數據嗎？GSE開頭的都是芯片嗎看過很多GEO數據挖掘的教程，一直都是芯片數據舉例。我自己也根據流程（Taolu）分析過好幾個geo芯片數據。一直有個疑惑， GEO上都是芯片數據嗎？ GSE開頭的都是芯片數...
