生物信息學(xué)分析和作圖是科研狗們的必備技能。近幾年，隨著數(shù)據(jù)類型的增多，excel、SPSS等常用軟件已經(jīng)不能滿足科研需求了。R語言以其方便、快捷的優(yōu)勢(shì)，迅速獲得許多編程技術(shù)不...
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常用生物信息學(xué)分析在線網(wǎng)址 -
解決pRRophetic R包報(bào)錯(cuò)：Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: "testExprData" must ...今天用pRRophetic R包時(shí)發(fā)現(xiàn)不能用了，出現(xiàn)Error in if (class(testExprData) != "matrix") stop("ERROR: \"...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它們的聯(lián)系與區(qū)別一、 簡(jiǎn)述 ? ? 為了從基因的表達(dá)水平中得到更加具體直觀的生物學(xué)功能變化的信息，多種基于已知的基因集的分析方法應(yīng)運(yùn)而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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RNA三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)與比較Pymol使用[http://www.itdecent.cn/p/a585f1173a32]Zhang lab[https://zhanggroup.org/] 二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
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生物信息學(xué)入門博客推薦（不定期更新）
0642021 更新 1、生信寶典[http://blog.genesino.com/] 整理比較系統(tǒng)，推薦。 2、生信菜鳥團(tuán)[http://www.bio-info-tra...
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RNA-seq 分析 normalization方法之TMM
背景 在使用過程中存在一些疑問，所以就認(rèn)真一探究竟。Normalization 的方法很多，適應(yīng)的條件也不一樣。下面兩篇講的比較清晰建議下看下。參考：https://www....
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
