前言 來(lái)到這里，已經(jīng)漸漸不是人話了... 估計(jì)這輩子我也沒(méi)有想到，我把我最厭惡的東西寫出來(lái)， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，這一小節(jié)吐槽官網(wǎng)的這一行代碼，大神請(qǐng)...
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GWAS分析-說(shuō)人話（20）-單倍體關(guān)聯(lián)分析 -
全基因組重測(cè)序流程【超細(xì)致??！】
自己在研究生的第一個(gè)項(xiàng)目就是處理重測(cè)序數(shù)據(jù)，在做的過(guò)程中參考了很多資料，現(xiàn)在把整個(gè)重測(cè)序的上游分析流程分享給大家，一些關(guān)鍵環(huán)節(jié)已經(jīng)幫大家踩過(guò)坑了，相信跟著學(xué)習(xí)實(shí)踐一定能夠收獲...
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使用MAKER進(jìn)行注釋: 訓(xùn)練SNAP基因模型準(zhǔn)備階段 訓(xùn)練SNAP模型，需要準(zhǔn)備三個(gè)文件，分別是參考基因組序列，組裝的轉(zhuǎn)錄本序列和同源蛋白序列。 對(duì)于參考基因組序列，我們要保證N50需要超過(guò)預(yù)期基因長(zhǎng)度的中位數(shù)，否則注...
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ggtree繪制進(jìn)化樹(shù)繪制進(jìn)化樹(shù)的方法有很多，入門的MEGA，iTOL，evolview等，但是沒(méi)有一個(gè)如ggtree這般高效簡(jiǎn)單，輕輕松松繪制高端進(jìn)化樹(shù)，廢話不多說(shuō)，直接看代碼喜歡的小伙伴可以關(guān)...
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使用CMplot包繪制環(huán)形曼哈度圖安裝并加載所需R包 基本用法 常用參數(shù) 加載并查看示例數(shù)據(jù) 基本數(shù)據(jù)格式： 前三列分別為SNP的名稱，所在染色體，SNP的位置，后面每列為不同性狀的P值，每個(gè)性狀單獨(dú)一列 默...
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用circlize包繪制circos plotcirclize包 circlize包在德國(guó)癌癥中心的華人博士Zuguang Gu開(kāi)發(fā)的，有興趣的可以去看看他的Github主頁(yè)。這個(gè)包有兩個(gè)文檔，一個(gè)是介紹基本原理的繪制簡(jiǎn)...
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根據(jù)vcf文件計(jì)算SNP密度并用circlize可視化結(jié)果參考 收集vcftools所有用法 命令 100000 是指定窗口長(zhǎng)度--out 是輸出文件的前綴 使用R語(yǔ)言中的circlize包畫圖 參考 用circlize包繪制cir...
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畫個(gè)圈圈祝福你劉小澤上篇寫于18.10.3 ，中篇寫于18.10.4，下篇寫于18.10.6學(xué)習(xí)障礙的規(guī)律往往是：不是因?yàn)樗嚯y，而是因?yàn)槟悴恢浪y不難！之前就見(jiàn)過(guò)各種文章中的復(fù)雜美觀的...
