IP屬地：廣東
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三代全長轉錄組分析流程：使用isONform從ONT獲取isoform轉錄本
安裝https://github.com/aljpetri/isONform?tab=readme-ov-file[https://github...
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提取收縮擴張基因家族的基因
需要在linux系統(tǒng)中,要裝了seqkit軟件 使用例子 提取指定物種MLA的全部收縮擴張基因和顯著收縮擴張基因,分別在兩個子文件夾中,--co...
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葉綠體基因組過程中用到的python腳本
根據(jù)編號修改fasta序列名 讀取rename_list.txt文件，有兩列，第一列是編號，第二列待改的名字，該文件開頭內(nèi)容如下：L019 ...
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在ubutnu上安裝最新R的方法
直接用apt安裝的R版本只有3.6,有部分R包不能使用.在網(wǎng)上找了一圈教程,發(fā)現(xiàn)都成功,最后在清華源的CRAN官網(wǎng)上終于找到可靠的方法：http...
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調整基因組中序列的順序，名稱和方向
依賴biopyhon包pip install biopython 首先獲得當前基因組文件的序列名,以便后續(xù)編輯。注意，生成的list.txt文件...
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用file2.fa的序列替換file1.fa中同名的序列
需要安裝biopythonpip install python --chr輸入同向替換的序列名--rev輸入反向互補然后替換的序列名多個序列用逗...
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samtools整合sam轉bam/sort和index命令
使用bwa，hisat2等比對軟件，常會得到sam文件，此文是對多個sam轉化/排序/建立index的命令
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使用UpsetR對orthofinder結果可視化使用conda安裝，使用過程中報錯查閱得知是diamond的版本不兼容導致將diamond降級后問題解決conda install -c bio...