數(shù)據(jù)類型 輸出結(jié)果
群體進化-gwas分析 群體進化基礎(chǔ)分析 PCA 分析原理PCA(Principal Component Analysis),即主成分分析方法,是一種使用最廣泛的數(shù)據(jù)...
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結(jié)構(gòu)注釋數(shù)據(jù)(GTF文件),對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋,即主要解釋了SNP/InDel是否能夠?qū)幋a蛋白...
GMAP最早用于講EST/cDNA序列比對到參考基因組上,可以用于基因組結(jié)構(gòu)注釋。后來高通量測序時代,又開發(fā)了GSNAP支持高通量數(shù)據(jù)比對。 軟件安裝 我采用的是利用源代碼且...
Data preparation 繼續(xù)上次的內(nèi)容,下載好數(shù)據(jù)后就可以正式開始鑒定了。首先回顧一下,下載好的數(shù)據(jù)。 基因組序列信息,存儲基因組序列信息的.fasta文件。還有其...
Markdown是一種純文本格式的標(biāo)記語言。通過簡單的標(biāo)記語法,它可以使普通文本內(nèi)容具有一定的格式。 相比WYSIWYG編輯器 優(yōu)點:1、因為是純文本,所以只要支持Markd...
前言 很多關(guān)注我這個專題的朋友都在后臺留言,說想了解更多關(guān)于SNP過濾的東西。是的,確實這是一個比較重要的問題。第一,過濾到一些低質(zhì)量的SNP可以防止calling一些假陽性...
放在最前面的參考鏈接:給學(xué)徒的ATAC-seq數(shù)據(jù)實戰(zhàn)(附上收費視頻) 數(shù)據(jù)來源的文章: The landscape of accessible chromatin in m...