轉(zhuǎn)錄組測(cè)序目前主要有兩種形式，RNA-seq和microarry。這兩種技術(shù)產(chǎn)生的數(shù)據(jù)在GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中都有很多，其中RNA-seq的數(shù)據(jù)大多是已經(jīng)注釋過(guò)的symbol為行名的...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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生信小白教程之Count轉(zhuǎn)TPM，F(xiàn)PKM相信很多科研工作者（不包括比我厲害的大佬們）在做轉(zhuǎn)錄組時(shí)，都是在公司做測(cè)序，然后數(shù)據(jù)也交給公司分析，又然后，期待做個(gè)差異分析，得出像下圖那么完美的熱圖。 然而，然而，，我們得...
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定量免疫浸潤(rùn)在單細(xì)胞研究中的應(yīng)用最近聽說(shuō)定量免疫浸潤(rùn)很火，于是我也報(bào)名參加了果子老師的課程，跑了幾個(gè)R包，你比如說(shuō)xCell啊，GSVA啊，MCPcounter啊，ConsensusTME，ImmuneSu...
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TCGA轉(zhuǎn)錄組差異分析后多種基因功能富集分析：從GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID轉(zhuǎn)換）測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序pipeline：從raw r...
