1.vcf格式說明 VCF格式：Variant Call Format，用于記錄variants (SNP / InDel)的文件格式，關(guān)于其說明，詳見：http://gat...
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GSEA富集分析流程及解釋（R代碼）【待完善】
GSEA簡(jiǎn)介 GSEA法基因功能富集分析原理詳解[https://www.plob.org/article/16259.html] 豆豆學(xué)習(xí)GSEA[https://mp.w...
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利用linux處理fq/fa小練習(xí)劉小澤寫于19.1.11知識(shí)就是這樣，越用越熟練，像awk、grep、sed等，用時(shí)間長(zhǎng)了就有感覺了；另外所有我們遇到的問題都能搜索到，所以不用擔(dān)心辦法解決這份題不是我出的，...
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看起來你是用了python3，試試python2。
在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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深度學(xué)習(xí)中Dropout原理解析（10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組）1. Dropout簡(jiǎn)介 1.1 Dropout出現(xiàn)的原因 在機(jī)器學(xué)習(xí)的模型中，如果模型的參數(shù)太多，而訓(xùn)練樣本又太少，訓(xùn)練出來的模型很容易產(chǎn)生過擬合的現(xiàn)象。在訓(xùn)練神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的時(shí)...
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[空間轉(zhuǎn)錄組] Sepal——識(shí)別具有空間模式的基因
一、Sepal是干什么的？ 原文：sepal: identifying transcript profiles with spatial patterns by diffus...
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@vv2020 不好意思，才看到消息。我看到論文里面處理這種數(shù)據(jù)時(shí)，會(huì)把重復(fù)名字的基因當(dāng)成不同基因看待，在名字上加上后綴以作區(qū)分。
在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提供了prepDE.py文件，用...
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10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之空間注釋（解卷積，STdeconvolve）hello，大家好，今天我們來分享一個(gè)新的空間注釋的方法，當(dāng)然主要思想還是解卷積，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的注釋方法，我已經(jīng)分享了很多了，在這里列舉出來，供大家參考。 MIA用于單細(xì)胞...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）聚類算法之Louvainhello，大家好，之前呢，分享了10X單細(xì)胞和10X空間轉(zhuǎn)錄組的降維算法，不知道大家掌握了多少。今天我們來分享默認(rèn)的聚類算法Louvain，Louvain算法是目前單細(xì)胞分...
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中山大學(xué)中山醫(yī)學(xué)院-基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士在讀<br>歡迎關(guān)注個(gè)人公眾號(hào)<br><br>公眾號(hào)：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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內(nèi)心不能壓抑凡是被壓抑的都會(huì)卷土重來。-弗洛伊德 被壓抑的，遲早要爆發(fā)，一個(gè)人若不能按照自己的意愿做事，總是將自己內(nèi)心的渴望隱藏，壓抑，過不了多久就會(huì)爆發(fā)。 生命需要釋放，人是有攻擊性的...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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北京百奧益康醫(yī)藥科技有限公司是天津百奧醫(yī)藥科技有限公司的全資子公司，致力于提供前沿的單細(xì)胞組學(xué)全套解決方案，單細(xì)胞相關(guān)研發(fā)和服務(wù)團(tuán)隊(duì)位于北京亦莊。<br><br>百奧益康現(xiàn)有管理團(tuán)隊(duì)和技術(shù)團(tuán)隊(duì)具有豐富的單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)和研發(fā)經(jīng)驗(yàn)，在單細(xì)胞研究領(lǐng)域深耕7年，曾成功領(lǐng)導(dǎo)打造了國內(nèi)領(lǐng)先的單細(xì)胞科研服務(wù)團(tuán)隊(duì)，現(xiàn)已累積150+種不同組織類型、 10,000+個(gè)樣品的10x Genomics單細(xì)胞測(cè)序經(jīng)驗(yàn),累積服務(wù)客戶發(fā)文超百篇，影響因子超千分（包括CNS頂級(jí)期刊） 。
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組高級(jí)分析二：轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
SCENIC簡(jiǎn)介 組織內(nèi)細(xì)胞異質(zhì)性的基礎(chǔ)是細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異，轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導(dǎo)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細(xì)胞的GRNs有助于深入...
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2019-06-27 scenic: single-cell regulatory network inference and clustering
title：scenic: single-cell regulatory network inference and clustering journal：Nature me...
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library(Seruat)報(bào)錯(cuò) Error: object ‘markvario’ is not exported by ‘namespace:spatstat’
spatstat版本有問題 若有如下警告: ERROR: dependencies ‘spatstat.data’, ‘spatstat.utils’ are not ava...
