寫在前面: 對于我們大多數(shù)來說,用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題,更容易讓人理解,并且可以賞心悅目。細胞內(nèi)部,大量的分子時刻都在發(fā)生著變化或相互作用。對于我們來說,了解這...
寫在前面: 對于我們大多數(shù)來說,用圖形或圖表更比數(shù)據(jù)本身更能說明問題,更容易讓人理解,并且可以賞心悅目。細胞內(nèi)部,大量的分子時刻都在發(fā)生著變化或相互作用。對于我們來說,了解這...
之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode,其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑。 這里給出兩份資料,一份是TCGA官方英文介紹,鏈接為https://wiki....
今天我們介紹一篇稍高分數(shù)的文章,來看一下生信挖掘文章如何發(fā)更高檔次的雜志。這篇文章是利用GEO和TCGA數(shù)據(jù)挖掘?qū)m頸癌預后相關(guān)的關(guān)鍵基因,2019年發(fā)表在Journal of...
大家好,今天和大家分享一下TCGA從2017年到現(xiàn)在發(fā)表文章的情況;做這個整理的目的呢?是因為很多小伙伴都在群里或者是后臺問我們,TCGA的生信分析往哪里投? 我們在PubM...
前面的教程已經(jīng)進行了WGCNA分析并將各個模塊的網(wǎng)絡(luò)圖繪制文件導出,接下來將進行共表達網(wǎng)絡(luò)的繪制,本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程[https://...
WGCNA筆記第三彈 WGCNA分析原理 WGCNA應用場景 WGCNA分析實踐 本代碼借鑒了生信技能樹的WGCNA教程以及PlanTech的WGCNA課程編寫,轉(zhuǎn)載請注明出...
本教程根據(jù)PlantTech的WGCNA課程編寫,課程還是不錯的,所以將該課程給大家分享一下。 WGCNA筆記第一彈 WGCNA分析原理 WGCNA應用場景 WGCNA分析實...
原創(chuàng)來自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw,本人稍作修改,原文是針對小鼠,現(xiàn)改為人類當?shù)玫讲町惢蚝?,很多時候...
寫這篇文章一部分原因是填2年前的一個坑 轉(zhuǎn)錄組入門(7):差異表達分析. 另一部分原因是GQ最近又在搞一波無重復的差異表達分析, 所以專門去學了edgeR 我個人是不太推薦...
這個推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號: RNAseq數(shù)據(jù),下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻標題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
FPKM 一般來說不太好用,轉(zhuǎn)為TPM進行后續(xù)的分析比較合適。下面是FPKM轉(zhuǎn)化為TPM的R實現(xiàn): 參考: RNA-Seq的Counts和FPKM數(shù)據(jù)如何轉(zhuǎn)換成TPM?[ht...
前面分享了FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析?后來看了一下別人分享的例子,應該把FPKM轉(zhuǎn)換為TPM后再進行分析。為什么說FPKM和RPKM都錯了?簡單小需求:如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM...
從今天開始,我又要經(jīng)?;氐胶啎涗浺恍?shù)據(jù)下載,處理流程了。目前需要UKBB的GWAS, 用的人很多,都是大文章,大手筆。我沒有找到怎么下載的。所以打算自己跟著幫助文檔學習一...
1. R語言進階之廣義線性回歸[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247484183&idx=1&s...
什么是工具變量?[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MjM5MTIzNjI1OA==&mid=2247483687&idx=1&sn=e5ef4...