結(jié)果文件的解讀 輸出文件1：*.variant_function 第一個文件包含所有變異的注釋，方法是在每個輸入行的開頭添加兩列（例如，第一行下面的“intergenic ...
發(fā)簡信
IP屬地：重慶
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ANNOVAR | 變異注釋【下】 -
Hi-C 進(jìn)行染色體掛載Hi-C 技術(shù)原理 Hi-C是染色質(zhì)區(qū)域捕獲（Chromosome conformation capture）與高通量測序（High-throughput sequencin...
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組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì)及繪圖組裝結(jié)果統(tǒng)計(jì) 下面對組裝得到fasta 格式基因組序列進(jìn)行長度、N50 等統(tǒng)計(jì)。 使用assembly-stats對組裝結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì) 下載地址：https://github....
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三代測序數(shù)據(jù)組裝（補(bǔ)充）nextdenovo nextdenovo 最初開發(fā)用于nanopore 數(shù)據(jù)拼接，也支持pacbio CLR 和HiFi 數(shù)據(jù)做輸入。軟件運(yùn)行速度較快。 下載地址：http...
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三代測序數(shù)據(jù)組裝三代數(shù)據(jù)組裝 Pacbio CLR & Nanopore: 50X~100X，最低不能低于30XPacbio HiFi : 25X 以上 三代讀長的優(yōu)勢 推薦軟件 canu ...
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網(wǎng)絡(luò)爬蟲技術(shù)介紹什么是爬蟲 一種自動獲取網(wǎng)絡(luò)頁面內(nèi)容的程序網(wǎng)絡(luò)爬蟲也叫作網(wǎng)絡(luò)機(jī)器人、網(wǎng)絡(luò)蜘蛛是一種按照一定規(guī)則，自動地抓取網(wǎng)絡(luò)信息的程序或腳本通用爬蟲搜索引擎的爬蟲系統(tǒng)追求大的爬行覆蓋范圍聚...
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用singularity來管理軟件
背景 生物信息中的分析流程往往需要消耗很大的內(nèi)存，讀寫以TB計(jì)算的數(shù)據(jù)，屬于典型的高性能計(jì)算(HPC)應(yīng)用。生信分析流程中要調(diào)用大量的分析程序以及內(nèi)部開發(fā)腳本，環(huán)境的配置與管...
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基因組與比較基因組專題（前言）
比較基因組學(xué) 比較基因組學(xué)（Comparative genomics）：是基于基因組圖譜和測序技術(shù),對已知的基因特征和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較以了解基因的功能、表達(dá)機(jī)制和不同物種親...
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重測序分析（18）GWAS分析實(shí)操（4）gwas_tassel_mlm混合線性模型MLM：GLM模型中，如果兩個表型差異很大，但群體本身還含有其他的遺傳差異（如地域等），則那些與該表型無關(guān)的遺傳差異也會影響到相關(guān)性。MLM模型可以把群體結(jié)構(gòu)的影...
