大家好，本周我分享的文獻(xiàn)是一篇關(guān)于結(jié)合環(huán)境指標(biāo)解釋和預(yù)測(cè)作物表型的研究。 文章題目：An integrated framework reinstating the envir...
IP屬地：上海
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每周文獻(xiàn) 2021-06-05 -
群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——群體間分歧度檢驗(yàn)（Fst）基本概念 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。用于衡量種群分化程度，取值從0到1，為0則認(rèn)為兩...
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繪制 SNP 密度圖一般使用 CMplot 繪制SNP密度圖：包鏈接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要繪制 SNP 密度圖，僅僅需要三列即可：a. 第...
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RNA-seq 分析流程 —— 概述前言 接下來(lái)我們要介紹的是 RNA-seq 數(shù)據(jù)的處理分析流程，根據(jù) RNA-seq 測(cè)序技術(shù)的不同，可以分為三種： short-read long-read direct ...
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全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析-小麥前言 近期分析了一部分小麥的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，參考了網(wǎng)上許多流程，收獲良多，在此記錄一下 全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序基于PacBio單分子實(shí)時(shí)測(cè)序技術(shù)（SMRT cell）,憑借超長(zhǎng)讀長(zhǎng)的...
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GO注釋結(jié)果整理對(duì)于非模式生物或者無(wú)參考基因組的項(xiàng)目，經(jīng)常需要進(jìn)行基因的功能注釋，而GO注釋是基因功能注釋的重要部分。有很多軟件能夠獲得GO注釋的信息，例如interproscan、eggn...
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基因功能注釋ENTREZID SYMBOL ENSEMBLE 的相互轉(zhuǎn)換 1 ID的轉(zhuǎn)換 2 GO分析 分析得到GO功能文件后，畫(huà)柱狀圖對(duì)功能名字進(jìn)行了縮寫(xiě) 3 KEGG分析
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轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集，對(duì)這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分析。然后把表達(dá)矩陣和分組信息分...
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R語(yǔ)言 文件讀寫(xiě)真的，無(wú)論什么時(shí)候，你總會(huì)遇到一些奇奇怪怪的文件，要讀取，一開(kāi)始真的痛不欲生，自己總結(jié)了一小波，給自己儲(chǔ)個(gè)糧~~~如果有什么不對(duì)的小錯(cuò)誤歡迎大家指出 關(guān)于文件類型~~ 目前遇...
