Seurat::DoHeatmap 的謎之報(bào)錯(cuò) 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運(yùn)行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時(shí)總是報(bào)錯(cuò) 主...
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單細(xì)胞交響樂7-聚類分群劉小澤寫于2020.6.30 + 7.2為何取名叫“交響樂”？因?yàn)閱渭?xì)胞分析就像一個(gè)大樂團(tuán)，需要各個(gè)流程的協(xié)同配合單細(xì)胞交響樂1-常用的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)SingleCellExper...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會(huì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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周運(yùn)來，男，長大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測序量會(huì)有差異，最簡單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計(jì)算counts per million (CPM)，即原始reads count除以總reads...
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利用python中的pysam模塊做一些簡單的統(tǒng)計(jì)(4可能是最后一篇)
今天要連發(fā)兩篇文章，那是因?yàn)?..算了不矯情了下面獻(xiàn)上我最后的作品吧 面向百度和書本編程
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朋友你好，我試了一下想批量從bed3文件里面，讀出一系列目標(biāo)坐標(biāo)的reads，但是沒有成功??
用python做生物信息數(shù)據(jù)分析（2-pysam）
寫perl的思維，可能確實(shí)不能拿來學(xué)python。畢竟，python的褲子有很多。面向?qū)ο蟮恼Z言，如果不好好穿褲子，怎么找對(duì)象？。手上要做的事情，需要解析sam，更或者bam...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-5.1: ngs.plot 可視化ChIP-Seq 數(shù)據(jù)ngs.plot 主要用于可視化基因組功能區(qū)域的高通量測序結(jié)果。 #1. ngs.plot 優(yōu)點(diǎn) 已整理的注釋數(shù)據(jù)：17個(gè)物種(21套基因組)，涉及功能原件有： Gene，E...
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生信技能樹，生信菜鳥團(tuán)，jimmy
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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SRA Toolkit
一、簡介： SRA Toolkit是將ncbi上 .sra文件 （文獻(xiàn)中的各種數(shù)據(jù)，如：Chip、Rna-seq等一般都以sra格式儲(chǔ)存在ncbi數(shù)據(jù)庫中https://ww...
