Salmon 是轉(zhuǎn)錄本定量軟件，使用轉(zhuǎn)錄本定量主要優(yōu)點一是更準確，比如不同樣本同一基因使用不同 isoform 此時基因長度并不相等，直接基因定量無法顧及；二是方便進行可變剪...
IP屬地：馬里蘭州
-
Salmon 進行轉(zhuǎn)錄本定量 -
estimate 包所有函數(shù)超詳細解讀及計算免疫浸潤評分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計算標本的免疫及機制評分，進而評估腫瘤的純度，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signture來評估以上內(nèi)容，其輸入文件...
-
六種方法查看R函數(shù)源代碼，為啥第三種最惹人喜歡？所謂：操千曲而后曉聲，觀千劍而后識器。 作為一個開源軟件，R的一個非常大的優(yōu)點就是我們可以隨意查看所有算法的源代碼，在對這些源代碼進行分析的過程中不僅可以加深對算法的認識，而...
-
R package：circlize環(huán)狀熱圖1.讀取基因表達數(shù)據(jù) 這是我的基因表達量數(shù)據(jù) 1.1提取部分數(shù)據(jù)集 1.2提取基因表達值所在的列，組成新的矩陣，并將矩陣轉(zhuǎn)置 為什么要轉(zhuǎn)置，參考https://www.jia...
-
-
IsoformSwitchAnalyzeR 可變剪切分析曾經(jīng)我用 rMATS 進行可變剪切分析，現(xiàn)在我覺得 IsoformSwitchAnalyzeR 更香。 IsoformSwitchAnalyzeR 功能總結(jié)如下。 In su...
-
火山圖新畫法整理思路：先畫出中間的火山圖，再畫左右兩張放大版的圖，最后用AI將三張圖拼接到一起，鋼筆工具畫出中間連接的小T形，同色的小矩形把連接處的實線蓋住，打造出一種藕斷絲連的神秘感（...
-
-
正確選擇相關(guān)性分析的統(tǒng)計方法
轉(zhuǎn)自：https://www.medsci.cn/article/show_article.do?id=55c91839569a 要做相關(guān)性分析，該如何選擇正確的統(tǒng)計方法？ ...
