發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：福建
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你好，我也在使用ragtag組裝一個(gè)二倍體基因組，它有一個(gè)近源物種作為參靠基因組，同時(shí)測(cè)了Hic數(shù)據(jù)，scaffold之后利用Hic去merge比對(duì)的scaffold一直報(bào)錯(cuò)，不知道如何merge，我是這么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的問(wèn)題，十分感謝！ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的問(wèn)題，十分感謝！
RagTag, 快速錨定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一個(gè)升級(jí)，可對(duì)cont...
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你好，我也在使用ragtag組裝一個(gè)二倍體基因組，它有一個(gè)近源物種作為參靠基因組，同時(shí)測(cè)了Hic數(shù)據(jù)，scaffold之后利用Hic去merge比對(duì)的scaffold一直報(bào)錯(cuò)，不知道如何merge，我是這么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的問(wèn)題，十分感謝！
將./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta 換成contig.fasta也不對(duì)！?。?！誰(shuí)知道怎么辦嗎使用RaGOO進(jìn)行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標(biāo)。我們通常使用遺傳圖譜，光學(xué)圖譜，HiC這些技術(shù)提供的信息將contig進(jìn)行排序連接...
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問(wèn)了軟件開發(fā)者malonge，他是這么說(shuō)的So I will first comment on the original error: ValueError: Input AGPs do not have the same set of components
In order to use merge,the AGPs file must contain the same set of components. In other words, the AGP files must be ordering and orienting the exact same set of sequences. So to address this, just scaffold the exact same assembly twice instead of correcting the assembly for one of the runs. Or you can correct the assembly and then use those corrected sequences for both scaffolding runs.
就還是不清楚Hic和比對(duì)scaffold的哪個(gè)輸出文件merge，怎么merge。基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無(wú)非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或同一物種的基因組染色體同源性進(jìn)...
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你好，我也在使用ragtag組裝一個(gè)二倍體基因組，它有一個(gè)近源物種作為參靠基因組，同時(shí)測(cè)了Hic數(shù)據(jù)，scaffold之后利用Hic去merge比對(duì)的scaffold一直報(bào)錯(cuò)，不知道如何merge，我是這么做的 ragtag.py merge -b hic_sort.bam ./ragtag_output/ragtag.scaffold.fasta ./ragtag_output/ragtag.scaffold.agp，能不能看看哪里的問(wèn)題，十分感謝！
基于參考基因組的基因組組裝和注釋
將基因組組裝到染色體水平無(wú)非就是兩種方式： 獨(dú)立組裝（de novo）； 基于參考基因組的組裝（reference-guided），即基于近緣或同一物種的基因組染色體同源性進(jìn)...
