Cellphonedb 安裝記錄（Linux） 1.首先在conda base環(huán)境中安裝R:conda install R(mamba install R); 2.然后創(chuàng)建c...
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2022-03-26 -
GEO數(shù)據(jù)分析中exprs提取表達(dá)矩陣，pData提取臨床信息
關(guān)于用getGEO下載數(shù)據(jù)后，會得到一個list，取出第一個列表中的元素后，再查看這第一個元素的數(shù)據(jù)類型后，發(fā)現(xiàn)他是一個對象（"ExpressionSet"），然后我們就會用...
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Seurat的打分函數(shù)AddMouduleScore在讀張澤民老師發(fā)表的新冠文獻(xiàn)的時候看到計算免疫細(xì)胞的cytokine score或inflammatory score使用了Seurat包的AddMouduleScore函數(shù)...
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單細(xì)胞實戰(zhàn)2: Seurat+SingleR--從矩陣到細(xì)胞類型注釋單細(xì)胞數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)分析Seurat流程： Seurat官網(wǎng)：https://satijalab.org/seurat/articles/get_started.html[http...
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10x Genomics RNA-seq 原理詳解近期的一系列際遇都再次論證了我真的是一個靠運氣闖蕩江湖的人，鬼使神差的混入了一個超棒的實驗室，并且受到了同伴和室友在工作和生活上的無私的照顧。日子像夢一樣美好，我只想時間走的...
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CellChat：細(xì)胞間相互作用分析利器前言 我們知道，細(xì)胞間信息傳遞方式一個是細(xì)胞表面配受體的相互作用，另一個通過細(xì)胞產(chǎn)生的可溶性小分子，即細(xì)胞因子。在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中下游，有時候我們想看某幾種細(xì)胞類型之間的相互...
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該畫上句號了，感恩！
這個號以后不會更生信學(xué)習(xí)的內(nèi)容了。如果順利的話，年底畢業(yè)，我去工作了。下面的話，來自我的畢業(yè)論文，想貼出來，在我的博客里面，感謝大家的幫助，感恩遇見，感恩這段歲月。 時光荏苒...
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單細(xì)胞測序（scRNA-seq）通關(guān)||數(shù)據(jù)處理必知必會單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析系列教程 sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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轉(zhuǎn)座元件專題（1）TEs as a supply of regulatory elements 1. promoter Ingenetics, apromoteris a sequence o...
