適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開，主...
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06 -
SCENIC-轉(zhuǎn)錄因子分析
今天寫一篇關(guān)于單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子的分析-scenic在做分析之前你應(yīng)該看一下這篇文獻(xiàn)，看看別人做了什么scenic分析《Single-cell RN...
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生信 | scATAC-Seq數(shù)據(jù)獲?。ǔ靤ra轉(zhuǎn)fq）部分代碼參考自10x genomics官網(wǎng)[what-is-cell-ranger-atac]，但絕大多數(shù)代碼融入了我自己的思考 1、上游分析（...
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【r<-函數(shù)】do.call的使用
do.call這個(gè)函數(shù)是我在搜索問題時(shí)會(huì)看到別人經(jīng)常使用的一個(gè)函數(shù)，心生好奇，這次來看看它的用法。 從文檔來看，do.call可以通過名字構(gòu)建和...
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單細(xì)胞經(jīng)典的課題設(shè)計(jì)思路
本文首發(fā)于單細(xì)胞天地[https://mp.weixin.qq.com/s/xihGDNTqVL27lk_47lPNIA] 一、單細(xì)胞的應(yīng)用 根...
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從單細(xì)胞到空間轉(zhuǎn)錄組，生物醫(yī)學(xué)進(jìn)入新時(shí)代（轉(zhuǎn)自 愛麗慕斯）編者按：隨著10X genomics 于2019年11月發(fā)布Visium Spatial Gene Expression Solution，空間...
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【單細(xì)胞工具】-FIRM-整合多平臺(tái)單細(xì)胞數(shù)據(jù)新算法單細(xì)胞rna測(cè)序(scRNA-seq)已被廣泛應(yīng)用于通過測(cè)量單個(gè)細(xì)胞的mRNA表達(dá)模式來發(fā)現(xiàn)新的細(xì)胞類型和重建發(fā)育軌跡。然而，使用不同的scRN...
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用Seurat做RNA Velocity安裝加載相應(yīng)的包 If you don't have velocyto's example mouse bone marrow dataset,...
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RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom文件
系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝 Velocyto軟件針...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析|| scanpy教程：預(yù)處理與聚類scanpy 是一個(gè)用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組（single cell rna sequencing)數(shù)據(jù)的python庫，文章2018發(fā)表在Geno...
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