發(fā)簡信
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芯片數(shù)據(jù)和RNA-seq的差異分析流程由于太久沒有分析過bulk數(shù)據(jù)了，前幾天突然被要求分析一個文章的數(shù)據(jù)時有點亂了手腳，所以在這里想總結(jié)一下關(guān)于芯片數(shù)據(jù)與seq數(shù)據(jù)的差異分析流程。...
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CIBERSORT：反卷積推測bulk中的細胞類型五一學(xué)了一個新的分析方法-CIBERSORT，這個包其實很早就想學(xué)的，因為現(xiàn)在一般的單細胞文章的套路，很難不用到它，那么它能干什么呢？它能夠推測...
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單細胞差異基因展示圖最近看到一個公眾號，分享了一個圖片，公眾號的名字為西紅柿的空間轉(zhuǎn)錄組，代碼均來著這個公眾號，廢話不多說，先看看圖長什么樣 直接上代碼 加載數(shù)據(jù)與...
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ComplexHeatmap：在熱圖上把基因標記出來今天給大家介紹一個很強大的包，這個包我也是只是學(xué)了冰山一角，更多的功能還是需要多查一些資料。想必大家看文章經(jīng)?？匆娺@種比較漂亮的圖片吧 哦豁，這...
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Monocle3：擬時序分析寫在前面：今天突然想寫這個教程，花了一下午看資料，其實我前面是有一些基礎(chǔ)的，但是看的還是會很亂，所以想把這個包的脈絡(luò)寫一下，希望能夠可以跟大家討...
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SCENIC-轉(zhuǎn)錄因子分析
今天寫一篇關(guān)于單細胞轉(zhuǎn)錄因子的分析-scenic在做分析之前你應(yīng)該看一下這篇文獻，看看別人做了什么scenic分析《Single-cell RN...
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Rcis Target：基因集找其調(diào)控因子和motif寫在前面：今天學(xué)習(xí)了Rcis Target這個包，每一次在學(xué)習(xí)一個包之前，苦惱和痛苦是不知道這個R包用來do for what？why to d...
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簡書創(chuàng)作淺顯的簡書創(chuàng)作格式的講解，適用人群為想在簡書上寫/分享代碼的好同學(xué) 1.理解簡書的兩種編輯器 簡書有兩種編輯器，一種是富文本編輯器，還有一種是M...
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AUCell:單細胞轉(zhuǎn)錄組中識別每一個細胞對某個通路的富集程度AUCell：能夠看出某個通路在細胞中的激活情況，在文章中可以用于差異比較，即這個通路多數(shù)在巨噬細胞中激活，而在其他細胞群中不激活 1.R包的下...