oligo包官方介紹：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/oligo.htm...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.11 oligo包讀取Array芯片原始數(shù)據(jù)(CEL.gz)) -
aglient芯片原始數(shù)據(jù)處理本文講的是aglient芯片原始數(shù)據(jù)的處理，參考資料是limma 的userguide文檔。GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的表達(dá)矩陣不符合預(yù)期，比如是空的，或...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評(píng)指正 一、上游處理流程 上游處理步驟包括質(zhì)量檢測(cè)、質(zhì)量控制、比對(duì)、定量[2]，每一步處理數(shù)據(jù)的目的都是不同，也有相關(guān)的軟件與之對(duì)應(yīng)。通過(guò)...
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『讀書(shū)筆記』- DESeq2 官方文件閱讀筆記 01正文前先容我扯兩句蛋 昨天群里交流WGCNA的時(shí)候和大家聊到軟件教程，現(xiàn)在很多人來(lái)了直接就網(wǎng)上各種教程搜一大堆，然后follow別人的code，...
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轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量歸一化
作者：二十八畫(huà)生審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 經(jīng)?？吹筋愃频奶釂?wèn)：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析中FPKM和TPM哪個(gè)歸一化方法好？小編并不盲從，此前...
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GSE83521/GSE89143去除批次效應(yīng)老大在群里出的題，說(shuō)感覺(jué)這個(gè)熱圖很詭異，然后中間我自己沒(méi)有用boxplot查看數(shù)據(jù)的表達(dá)量，對(duì)于數(shù)據(jù)不能有正確的認(rèn)識(shí)，導(dǎo)致一開(kāi)始的deg的log...
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GEO數(shù)據(jù)分析之DEG分析后繪圖差異基因分析之后進(jìn)行，繪圖展示結(jié)果。 二、繪圖 ggplot2作圖 未加配對(duì)信息 配對(duì)信息 批量作圖 可以自己一張張畫(huà)，也可以批量地作圖，批量畫(huà)...
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GEO數(shù)據(jù)分析之差異基因分析Step2-Differential-Expression-Genes 上一篇中做了：GEO數(shù)據(jù)下載和表達(dá)矩陣提取及質(zhì)控。接下來(lái)是差異基因的獲得...
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差異表達(dá)edgeR，limma（下）對(duì)樣本的無(wú)監(jiān)督聚類 在我們看來(lái)，用于檢查基因表達(dá)分析的最重要的探索性圖表之一便是MDS圖或其余類似的圖。這種圖表使用無(wú)監(jiān)督聚類方法展示出了樣品間...
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差異表達(dá)edgeR，limma（上）
第一部分 背景介紹 為了方便起見(jiàn)，直接選用airway的數(shù)據(jù)作為訓(xùn)練數(shù)據(jù) 基因注釋 第二部分 得到DGEList，并對(duì)其進(jìn)行操作 使用symbo...
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