歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! MEME是一個motif分析的工具箱，提供了多種相關(guān)工具，網(wǎng)址如下 http://meme-suite.org/in...
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收錄了12篇文章 · 7人關(guān)注
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MEME:motif分析的綜合性工具
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高通量測序數(shù)據(jù)處理學(xué)習(xí)記錄（四）：DeepTools學(xué)習(xí)筆記前言 開題啦，所以需要整合自己之前處理過的數(shù)據(jù)包括可視化作圖，在GALAXY上翻到DeepTools正好有著一點用處，適當(dāng)?shù)母懔艘徊ㄊ虑?，順帶?..
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第10篇：ATAC-Seq、ChIP-Seq、RNA-Seq整合分析
由于基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制的復(fù)雜性，多種組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析，從不同的層面探究生物問題越來越重要。從RNA-Seq層面，我們可以探究哪些基因具有顯著差異...
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ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 ...
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如何使用MACS進(jìn)行peak callingMACS2是peak calling最常用的工具。 callpeak用法 這是MACS2的主要功能，因為MACS2的目的就是找peak，其他功能...
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R-loop數(shù)據(jù)分析之R-ChIP(樣本間BAM比較和可視化)樣本間相關(guān)性評估 上一步得到各個樣本的BAM文件之后，就可以在全基因組范圍上看看這幾個樣本之間是否有差異。也就是先將基因組分成N個區(qū)間，然后用統(tǒng)...
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如何使用ChromHMM鑒定染色質(zhì)狀態(tài)趁著零碎的時間整理了下ChromHMM的相關(guān)內(nèi)容。 ChromHMM是基于ChIP-seq組蛋白數(shù)據(jù)檢測染色質(zhì)狀態(tài)的工具。 基因組區(qū)域特定的組蛋...
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ChIP-seq分析的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)
以下羅列了ChIP-seq數(shù)據(jù)分析中的ENCODE標(biāo)準(zhǔn)，針對不同的免疫共沉淀類型有不同的標(biāo)準(zhǔn)，以下從組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子2個方向介紹： 一、組蛋白 ...
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deeptools可視化ref1：deeptools輔助CHIP-seq數(shù)據(jù)分析-可視化 | 生信菜鳥團(tuán) ref2：如何使用deeptools處理BAM數(shù)據(jù) - 生信技...
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第2篇：原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控、比對和過濾這部分內(nèi)容包括對原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)控，然后比對過濾，這是所有NGS數(shù)據(jù)處理的上游分析。 ATAC-Seq與其他方法不同的一點是需要過濾去除線粒體（如...
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