發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：四川
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Intervene: BED文件的intersect和繪制韋恩圖一、背景介紹 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計(jì)：...
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如何理解BAM文件的flags每次遇到BAM文件flag值都有一些困惑，時(shí)間越久越迷惑。在此，針對(duì)BAM文件中的flag信息進(jìn)行梳理和解釋： 記錄于BAM文件的第2列，以bw...
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BETA轉(zhuǎn)錄因子與表達(dá)關(guān)聯(lián)分析今天介紹和測(cè)試這款關(guān)聯(lián)ChIP-seq、RNA-seq分析軟件，BETA（Binding and Expression Target Analy...
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HMMRATAC檢測(cè)ATAC數(shù)據(jù)的開(kāi)放性
背景 目前，已經(jīng)衍生出多種用于檢測(cè)染色質(zhì)開(kāi)放性的試驗(yàn)方法。比如， DNase-seq， FAIRE-seq和ATAC-seq，其中ATACA-s...
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PacBio數(shù)據(jù)拆分之lima一、背 景 PacBio最新三代測(cè)序儀Sequel II芯片實(shí)現(xiàn)了更高通路，同時(shí)已經(jīng)支持barcode測(cè)序，這樣方便混合多個(gè)組織、處理、物種等...
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轉(zhuǎn)|Dockerfile構(gòu)建鏡像
發(fā)現(xiàn)一篇帖子很受用，轉(zhuǎn)載至此，別無(wú)它用，侵刪。 一、關(guān)于 Dockerfile 我們知道 Docker 鏡像的生成方式有兩種，一種是基于現(xiàn)有容器...
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了解GRO-seq什么是GRO-seq？ 來(lái)自靈魂的拷問(wèn) GRO-seq(Global nuclear Run-On sequencing)是一種專門測(cè)量新生RN...
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基于富集的5fC測(cè)序分析思路
一、過(guò)濾與質(zhì)控 測(cè)序獲得一對(duì)fastq文件，命名為treatment和control，各含兩個(gè)生物學(xué)重復(fù)，即：treatment_1、treat...
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ChIP-seq分析的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)
以下羅列了ChIP-seq數(shù)據(jù)分析中的ENCODE標(biāo)準(zhǔn)，針對(duì)不同的免疫共沉淀類型有不同的標(biāo)準(zhǔn)，以下從組蛋白和轉(zhuǎn)錄因子2個(gè)方向介紹： 一、組蛋白 ...