@今天能畢業(yè)了嗎 把官方的primer-barcode 放到一起給lima 他會(huì)判斷那種組合能拆出最多的序列
PacBio數(shù)據(jù)拆分之lima一、背 景 PacBio最新三代測(cè)序儀Sequel II芯片實(shí)現(xiàn)了更高通路，同時(shí)已經(jīng)支持barcode測(cè)序，這樣方便混合多個(gè)組織、處理、物種等樣本。 那么如何從poolin...
@今天能畢業(yè)了嗎 目前 Seque II Seque IIe測(cè)序的不需要糾錯(cuò)了； LoRDEC用三代數(shù)據(jù)平行的二代數(shù)據(jù)合并（同一個(gè)三代樣本，對(duì)應(yīng)的二代有生物學(xué)重復(fù)）后糾錯(cuò)
PacBio長(zhǎng)序列糾錯(cuò)軟件之LoRDEC三代數(shù)據(jù)中錯(cuò)誤主要是隨機(jī)錯(cuò)誤和Indel，一方面可以通過(guò)CCS、Arrow等三代內(nèi)部自糾錯(cuò)，另一方面也可借助二代高通量短序列進(jìn)行進(jìn)一步糾錯(cuò)。目前已經(jīng)有幾款工具，本文主要介紹L...
>99% + 校正
全基因組甲基化分析簡(jiǎn)述DNA甲基化是一種非常基礎(chǔ)且重要的表觀修飾，在調(diào)控基因表達(dá)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合和抑制轉(zhuǎn)座子元件中起到關(guān)鍵的作用。 目前，DNA甲基化檢測(cè)的技術(shù)已經(jīng)比較成熟，例如高通量的WGBS、R...
100G 數(shù)據(jù)過(guò)濾 10個(gè)線程 不到1個(gè)小時(shí) 已經(jīng)算可以了 關(guān)掉dup計(jì)算功能還會(huì)快
fastp參數(shù)說(shuō)明本文完全摘抄自簡(jiǎn)書(shū)的 使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控 僅為方便自己學(xué)習(xí)，如有侵權(quán)請(qǐng)?zhí)嵝褎h除，謝謝！ 使用fastp進(jìn)行數(shù)據(jù)質(zhì)控 fastp是一款較新的數(shù)據(jù)質(zhì)控軟件，接觸這個(gè)軟件也...
下載鏈接仍然是 1.3 尚未更新
yasm/nasm not found or too old on linux去到http://yasm.tortall.net/Download.html 找到最新的版本號(hào)記住 1. 輸入wget http://www.tortall.net/pro...
GATK FastaAlternate ReferenceMaker 只能做SNP的替換吧
通過(guò)VCF文件制作定制化的參考基因組前言 最近做的項(xiàng)目要對(duì)reference genome基于突變進(jìn)行一些modify，制作personalized genome或者說(shuō)是psuedo-genome偽基因組。其實(shí)...
為啥沒(méi)用自帶的meth ratio python腳本 計(jì)算甲基化率
DNA甲基化數(shù)據(jù)分析全流程2021-01-01 更新 簡(jiǎn)單記錄一下平時(shí)的分析過(guò)程 和RNA-seq前期流程類(lèi)似 -- 質(zhì)控、去接頭、比對(duì)參考基因組、排序 后期就是要提取甲基化位點(diǎn)，包括CpG、CHG、...
00 緣起 最新的R 3.5 版本特別難安裝，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式總是出錯(cuò)，R3.5的更新依賴(lài)太多，需要安裝很多依賴(lài)...
@磚頭機(jī)的靈感 現(xiàn)在PacBio平臺(tái)數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性已經(jīng)很準(zhǔn)確了 基本不用二代校正， 校正的話用更新的軟件吧
PacBio長(zhǎng)序列糾錯(cuò)軟件之LoRDEC三代數(shù)據(jù)中錯(cuò)誤主要是隨機(jī)錯(cuò)誤和Indel，一方面可以通過(guò)CCS、Arrow等三代內(nèi)部自糾錯(cuò)，另一方面也可借助二代高通量短序列進(jìn)行進(jìn)一步糾錯(cuò)。目前已經(jīng)有幾款工具，本文主要介紹L...
希望大家不要說(shuō)加密腳本的事情，對(duì)于程序猿來(lái)說(shuō)，這個(gè)操作有點(diǎn)，。。哈哈啊
靜小沐 評(píng)論自設(shè)置發(fā)送郵件時(shí)不顯示個(gè)人信息
一、背景介紹 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計(jì)：Bedtolols inter...
每次遇到BAM文件flag值都有一些困惑，時(shí)間越久越迷惑。在此，針對(duì)BAM文件中的flag信息進(jìn)行梳理和解釋?zhuān)?記錄于BAM文件的第2列，以bwa軟件比對(duì)結(jié)果為例 可以使用s...
轉(zhuǎn)錄組 體細(xì)胞突變檢測(cè)呢 ？
GATK Best Practices — step4 轉(zhuǎn)錄組SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）一、轉(zhuǎn)錄組SNP/INDEL（RNAseq SNPs + Indels）的介紹 GATK官網(wǎng)介紹：RNAseq short variant discovery (SNPs +...
學(xué)習(xí)一下
你熟悉的GSEA GO KEGG的局限性在哪里？2020年3月美國(guó)馬里蘭州巴爾的約翰霍普金斯大學(xué)彭博公共衛(wèi)生學(xué)院動(dòng)物實(shí)驗(yàn)替代中心（CAAT），德國(guó) University of Konstanz發(fā)表了[Maertens A]...
水印完美擋住
circos 可視化手冊(cè)- heatmap 篇heatmap將一系列的數(shù)值映射到一個(gè)顏色梯度中，是最常用的圖表之一。在circos中，通過(guò)plot這個(gè)block進(jìn)行設(shè)置。 用法如下： heatmap的數(shù)據(jù)和scatter...
你好 諾禾致源的小伙伴
10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium:基本概念2019年12月3日10X空間轉(zhuǎn)錄組Visium流程發(fā)布了，不再是Coming soon...。流程打包Space Ranger軟件里面，感興趣的小伙伴可以安裝下來(lái)學(xué)習(xí)了，自...
用python seaborn吧
ggplot畫(huà)圖-01最近在準(zhǔn)備文章出圖，本人對(duì)ggplot使用不是很深入，僅總結(jié)一些個(gè)人的經(jīng)驗(yàn)，希望對(duì)大家有所幫助。 先解釋theme中的幾個(gè)概念： vjust：控制標(biāo)題（或標(biāo)簽）和繪圖之間的垂...
有個(gè)pipeline圖就更好了
宏基因組數(shù)據(jù)分析流程代碼熊金波實(shí)驗(yàn)室出品 整理歸納：Larry 本次學(xué)習(xí)使用的服務(wù)器IP地址和其用戶(hù)名賬戶(hù)密碼如下： 地址：gs0.genek.tv 用戶(hù)名：u3276 密碼：genek.tv（建議...
