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基因突變檢測之Mutect2寫在前面的話 今天是2021年1月3號，年底一番瞎忙活，停更了好長一段時間的簡書。人生中有個很重要伯樂導(dǎo)師告訴我，在這個事多的工作環(huán)境下，沒人愿...
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CNV變異分析軟件介紹之DECoNCNV軟件的介紹 最近在學(xué)習(xí)CNV檢測軟件，在查閱的時候發(fā)現(xiàn)有個軟件比較測試的文章，大力推薦了DECoN，那我就去學(xué)習(xí)一下這個軟件吧。先說說這個...
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CNV變異分析策略介紹
CNV簡介： 拷貝數(shù)異常(copy number variations, CNVs)是屬于基因組結(jié)構(gòu)變異（structural variatio...
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TCGA 癌種對應(yīng)關(guān)系
TCGA數(shù)據(jù)庫中含有的癌癥名稱，簡寫和中文名稱。 Cohort英文名稱中文名稱ACCAdrenocortical carcinoma腎上腺皮質(zhì)癌...
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基因突變類型分類寫在前面的話： 基因突變，指基因在結(jié)構(gòu)上發(fā)生堿基對組成或排列順序的改變。突變可以發(fā)生于編碼序列，也可發(fā)生在啟動子、內(nèi)含子和剪切位點(diǎn)等非編碼序列。...
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samtools flagstat 統(tǒng)計(jì)結(jié)果的理解
比對結(jié)束后，需要了解比對結(jié)果的情況，可以采用samtools flagstat進(jìn)行統(tǒng)計(jì)samtools flagstat統(tǒng)計(jì)bam文件比對后每一...
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執(zhí)念
就是想整出來，搞不懂為啥，魔怔了。哈哈哈
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修改pip 下載模塊或軟件的默認(rèn)文件夾如果是源代碼的話。也可指定安裝路徑。 回到pip。首先，我們先查看一下默認(rèn)的安裝地址。命令行為： 如下圖所示：我們看見這里的USER_BASE ...
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【轉(zhuǎn)載】【2017年】基于二代測序（NGS）的腫瘤panels驗(yàn)證指南
文章概要： NGS方法為使用單個平臺檢測多個體細(xì)胞變異提供了獨(dú)特的優(yōu)勢，并成功地用于腫瘤標(biāo)本中，用于預(yù)測靶向治療反應(yīng)，疾病診斷和預(yù)后。已經(jīng)成為檢...