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單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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2020-05-11Strand bias 鏈偏好Strand bias 鏈偏好 背景 造成鏈偏好的原因： 1.Local realignment目的就是將比對到indel附近的reads進行局部重新比對，將比對的錯誤率降到...
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一步到位-生信分析流程構(gòu)建框架介紹我們都知道生物信息學(xué)（Bioinfomatics）包含兩個部分：bio和informatics，即利用生物數(shù)據(jù)通過計算機學(xué)或統(tǒng)計學(xué)或數(shù)學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)這些數(shù)據(jù)背后所具有的生物學(xué)意...
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gatk VariantFiltration（Mutect2后）參數(shù)調(diào)整關(guān)于vcf文件的學(xué)習(xí)（所有的需要信息都在頭文件中） FORMAT variants的格式，例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:樣品的基因型（genotype） 兩個數(shù)字中...
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R包clusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG開頭...
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使用clusterProfiler進行富集分析clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包，看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔，加上了我的測試數(shù)據(jù)（還是以果蠅為例）。 一、...
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單細胞數(shù)據(jù)中到底應(yīng)該如何處理線粒體基因
什么是線粒體基因 線粒體是參與細胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細胞中表達，其表達水平是細胞類型特異性的。也就是說這個也是和細胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的。 為...
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CellPhoneDB：細胞受體配體互作分析工具最近在學(xué)習(xí)cellphoneDB，順便寫一個學(xué)習(xí)記錄吧。 簡介 CellPhoneDB是一個可公開獲取的受體、配體及其相互作用的存儲庫。配體和受體都包含亞基結(jié)構(gòu)，準(zhǔn)確表征異質(zhì)...
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10X單細胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）通訊分析之NicheNethello，大家好，今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet，這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
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RNA velocity分析練習(xí)（四）聚類以及velocity可視化系列回顧：1.RNA velocity分析練習(xí)（一）文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)（二）軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)（三）生成loom...
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Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講：熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：ht...
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ReactomeGSA：高效的單細胞通路分析工具前情提要： SPATA：基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
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R語言可視化（三十一）：棒棒糖圖繪制31. 棒棒糖圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用ggplot2包繪制棒棒糖圖 使用ggpubr包繪制棒棒糖圖
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單細胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.itdecent.cn/p...
