常用的細胞通訊軟件:CellphoneDB[http://www.itdecent.cn/p/38a9376f5286]:是公開的人工校正的,儲存受體、配體以及兩種相互作用...
Strand bias 鏈偏好 背景 造成鏈偏好的原因: 1.Local realignment目的就是將比對到indel附近的reads進行局部重新比對,將比對的錯誤率降到...
我們都知道生物信息學(xué)(Bioinfomatics)包含兩個部分:bio和informatics,即利用生物數(shù)據(jù)通過計算機學(xué)或統(tǒng)計學(xué)或數(shù)學(xué)的方法發(fā)現(xiàn)這些數(shù)據(jù)背后所具有的生物學(xué)意...
關(guān)于vcf文件的學(xué)習(xí)(所有的需要信息都在頭文件中) FORMAT variants的格式,例如GT:AD:DP:GQ:PL GT:樣品的基因型(genotype) 兩個數(shù)字中...
參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕,clusterProfiler幫你忙這篇詳細講了無參考基因組該怎么辦,值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID:Ensemble id:一般以ENSG開頭...
clusterProfiler是業(yè)界大神Y叔寫的R包,看過了它的繪圖就會使人沉迷于其顏值無法自拔。本文很多內(nèi)容直接翻譯自官方文檔,加上了我的測試數(shù)據(jù)(還是以果蠅為例)。 一、...
什么是線粒體基因 線粒體是參與細胞凋亡啟動和執(zhí)行的主要細胞器之一。線粒體基因在大多數(shù)細胞中表達,其表達水平是細胞類型特異性的。也就是說這個也是和細胞類型及其狀態(tài)有關(guān)系的。 為...
最近在學(xué)習(xí)cellphoneDB,順便寫一個學(xué)習(xí)記錄吧。 簡介 CellPhoneDB是一個可公開獲取的受體、配體及其相互作用的存儲庫。配體和受體都包含亞基結(jié)構(gòu),準(zhǔn)確表征異質(zhì)...
hello,大家好,今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet,這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性,所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
系列回顧:1.RNA velocity分析練習(xí)(一)文件下載以及預(yù)處理2.RNA velocity分析練習(xí)(二)軟件安裝3.RNA velocity分析練習(xí)(三)生成loom...
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程(Seurat版本3.0.2),發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講:熟悉文獻作者提供的兩個表達矩陣 筆記目的:根據(jù)生信技能樹的單細胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在:ht...
前情提要: SPATA:基因集驅(qū)動的空間轉(zhuǎn)錄組分析框架[http://www.itdecent.cn/p/81ce67b27529]enrichplot||基因富集結(jié)果可視...
31. 棒棒糖圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用ggplot2包繪制棒棒糖圖 使用ggpubr包繪制棒棒糖圖
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