adonis文檔：https://www.rdocumentation.org/packages/vegan/versions/2.4-2/to...
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R: adonis進行permannova -
宏基因組分箱（五）Metawrap計算Bin豐度導(dǎo)讀 用Metabat2分箱的方法見：宏基因組分箱（二）Metabat2分箱實戰(zhàn)[http://www.itdecent.cn/p/72a60...
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NCBI數(shù)據(jù)快速下載工具：aspera的安裝與使用
前言生物信息分析總是避不開從NCBI上下載數(shù)據(jù)，但是很多時候通過瀏覽器登錄NCBI都費勁，更別說下載大量的數(shù)據(jù)了。NR和NT數(shù)據(jù)庫是做序列比對經(jīng)...
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R語言編程-Tidyverse 書籍 - R MarkdownR Markdown 是Markdown在R中的延伸。除了具備一般Markdown 語法功能之外，最關(guān)鍵的是可以在Rmarkdown 中插入代碼...
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【R畫圖】環(huán)形熱圖熱圖（heatmap）在生信領(lǐng)域基本就是常規(guī)操作，基本技能，入門操作。能畫熱圖的工具也有很多，我自己常用的R包是pheatmap。 最近經(jīng)?？匆?..
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【網(wǎng)絡(luò)圖】Gephi今天分享另外一個最近學(xué)習(xí)的一個畫圖的小技巧。 說到網(wǎng)絡(luò)圖的繪制，大家可能首先想到的是Cytoscape，它在生物學(xué)相關(guān)的領(lǐng)域應(yīng)用非常廣泛，我自己...
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【R畫圖學(xué)習(xí)4】桑基圖?；鶊D，其實我用的不太多。最近常見還是在分析單細胞數(shù)據(jù)的時候，展示細胞通訊用的比較多的一種類型的圖。例如下面一張就是cellchat畫的一張桑基...
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【陪你學(xué)·R語言繪圖】學(xué)術(shù)圖表介紹本想著寫一篇介紹論文中各種類型圖表的推送，但是著筆介紹時又覺得不如一起繪圖吧！各類學(xué)術(shù)圖表都萬變不離其宗，以圖的形式將處理后的數(shù)據(jù)展示出來（主要...
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【R畫圖學(xué)習(xí)8.2】PCA圖-3D前面一個帖子我們學(xué)習(xí)了畫基本的PCA圖形，但是是二維的，今天我們學(xué)習(xí)繪制三維的，因為在有些paper中看到作者放的是三維的，其實也挺好看的。主成...
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菌群多樣性分析---Alpha多樣性計算前面，我們仔細學(xué)習(xí)了Alpha多樣性的一些常見指數(shù)，今天我們嘗試用R來計算這些常用指數(shù)。 library(vegan) library(pica...
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