導(dǎo)讀 Fastp能檢測和去除adapter，PE序列overlap區(qū)堿基矯正，slide window修剪頭尾，polyG/X尾修剪，UMI預(yù)處...
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Fastp：過濾二代測序數(shù)據(jù) -
用R語言對(duì)vcf文件進(jìn)行數(shù)據(jù)挖掘.11 CNV分析目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡介[https://www.jianshu.c...
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生信分析軟件總結(jié)合集
持續(xù)更新中EDTA：TE 注釋工具。是一個(gè)可以從頭注釋全基因組中的TE并且評(píng)估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包。該工具的主要步驟是過濾掉原始TE中注釋...
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63.《Bioinformatics Data Skills》之SAM文件格式(3)
上一節(jié)我們知道SAM文件有11列必要的信息，其中有3個(gè)信息分別為Bitwise Flag，CIGAR字符串與比對(duì)質(zhì)量比較復(fù)雜，這里展開了解一下。...
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跟著Nature Genetics學(xué)畫圖：R語言ggbio包畫基因結(jié)構(gòu)圖論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cu...
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【R>>MOVICS】多組學(xué)+亞型秘密武器MOVICS包整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，其安裝的過程太讓人心酸，大家安裝的過程慢慢體會(huì)，下面就來學(xué)習(xí)下這個(gè)由“大魚海棠”老師開發(fā)的R包吧。 1.示...
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35.《Bioinformatics Data Skills》之生物信息文本處理利器bioawk
作為表格文本處理命令awk的延伸，Heng Li開發(fā)了專門處理生物信息學(xué)的文件（例如bed, sam, vcf, gtf等）的命令bioawk，...
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比對(duì)及變異檢測工具的選擇，基因組變異
1.序列比對(duì) 2.DNA-seq&RNA-seq 3.幾款比對(duì)工具的比較 4.基因組變異 5.變異檢測工具的選擇 6.參考 序列比對(duì) 目前的生物...
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Aspera工具安裝與使用
在進(jìn)行高通量分析的過程中，經(jīng)常需要從NCBI或EBI下載動(dòng)輒幾十G的高通量數(shù)據(jù)，這東西，就算是神如迅雷，也是應(yīng)付不了了，這個(gè)時(shí)候，為了加快傳輸速...
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SRA 數(shù)據(jù)下載自救指南還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整？用了官方的下載工具還是慢的不行？這里有一個(gè)SRA 下載自...
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