導(dǎo)讀 Fastp能檢測和去除adapter,PE序列overlap區(qū)堿基矯正,slide window修剪頭尾,polyG/X尾修剪,UMI預(yù)處...
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目錄 前言[http://www.itdecent.cn/p/729673778e43] 方法簡介[https://www.jianshu.c...
持續(xù)更新中EDTA:TE 注釋工具。是一個(gè)可以從頭注釋全基因組中的TE并且評(píng)估已有TE庫注釋優(yōu)劣的工具包。該工具的主要步驟是過濾掉原始TE中注釋...
上一節(jié)我們知道SAM文件有11列必要的信息,其中有3個(gè)信息分別為Bitwise Flag,CIGAR字符串與比對(duì)質(zhì)量比較復(fù)雜,這里展開了解一下。...
論文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cu...
MOVICS包整合多組學(xué)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,其安裝的過程太讓人心酸,大家安裝的過程慢慢體會(huì),下面就來學(xué)習(xí)下這個(gè)由“大魚海棠”老師開發(fā)的R包吧。 1.示...
作為表格文本處理命令awk的延伸,Heng Li開發(fā)了專門處理生物信息學(xué)的文件(例如bed, sam, vcf, gtf等)的命令bioawk,...
1.序列比對(duì) 2.DNA-seq&RNA-seq 3.幾款比對(duì)工具的比較 4.基因組變異 5.變異檢測工具的選擇 6.參考 序列比對(duì) 目前的生物...
在進(jìn)行高通量分析的過程中,經(jīng)常需要從NCBI或EBI下載動(dòng)輒幾十G的高通量數(shù)據(jù),這東西,就算是神如迅雷,也是應(yīng)付不了了,這個(gè)時(shí)候,為了加快傳輸速...
還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起?還在難過用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整?用了官方的下載工具還是慢的不行?這里有一個(gè)SRA 下載自...