SAMBAMBA http://lomereiter.github.io/sambamba/ 一、安裝 (支持mac OS/linux 64位)...
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嫌picard去重復(fù)太慢？快來(lái)試試這兩個(gè)高效快速的工具吧~ -
「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行過(guò)濾
往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫(huà)出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過(guò)濾 SNP過(guò)濾...
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使用LUMPY檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異
LUMPY是一款基于概率框架檢測(cè)結(jié)構(gòu)變異(structure variants)的軟件, 它根據(jù)read-pair, split-read, r...
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Post-GWAS-LD圖與基因，關(guān)聯(lián)結(jié)果一起可視化IntAssoplot包可以將GWAS結(jié)果和LD， 基因結(jié)構(gòu)圖整合在一起畫(huà)出。介紹來(lái)自：https://github.com/whweve/In...
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GWAS分析-P值和beta值的愛(ài)恨相殺 (六)前面已經(jīng)簡(jiǎn)單介紹過(guò)GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程，我們?cè)贕WAS分析結(jié)果文件中經(jīng)常會(huì)看到beta值和P值，他們分別代表什...
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plink 進(jìn)行PCA分析當(dāng)我們進(jìn)行群體分析時(shí)，獲得vcf文件后，可以根據(jù)變異位點(diǎn)對(duì)這些樣本進(jìn)行PCA分析，現(xiàn)簡(jiǎn)單介紹 1、軟件安裝 2、簡(jiǎn)單操作 本次使用train.v...
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使用qqman對(duì)曼哈頓圖（Manhattan plot ）多個(gè)顯著位點(diǎn)標(biāo)志不同顏色，拒絕屎一樣的綠色
歡迎來(lái)到"bio生物信息"的世界 之前的推文GWAS: 曼哈頓圖，QQ plot 圖，膨脹系數(shù)（ manhattan、Genomic Infla...
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post-GWAS：使用coloc進(jìn)行共定位分析(Colocalization)
GWAS找到顯著信號(hào)位點(diǎn)后，需要解釋顯著信號(hào)位點(diǎn)如何影響表型。常見(jiàn)的一個(gè)解釋方法是共定位分析。 主流的共定位分析包括： 1）GWAS和eQTL共...
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推薦一個(gè)畫(huà)連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測(cè)比haploview好用！
最近需要畫(huà)LD block,之前一直用haploview軟件畫(huà)，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態(tài)位點(diǎn)，輸入的變異位點(diǎn)不能太多等。...
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annovar使用筆記annovar是一款常用的注釋軟件，可在其官網(wǎng)注冊(cè)后下載。annovar無(wú)需安裝，下載后解壓即可直接使用。annovar軟件里面是幾個(gè)perl寫(xiě)...
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