WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細胞WGCNA分析方法+隨機森林[h...
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hdWGCNA：單細胞WGCNA分析方法 -
ROGUE：評估細胞亞群純度說在前面 我們在前面通過3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s...
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外泌體多組學03-scMappR包：制造signature matrix老規(guī)矩，推薦大家看官網(wǎng)，資料： 官網(wǎng)scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMapp...
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單細胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應（batch effect）去除在單細胞分析當中，經(jīng)常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應（batch effect），那么什么是批次效應呢？簡而言之，批次效應...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復盤，發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入，想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響，...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）批次效應去除大盤點2 & AWGANhello,大家好，今天我們要再度深入認識一下批次效應，關于批次效應，我們之前分享了很多了，文章列在這里，供大家參考 10X單細胞（10X空間轉...
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使用PHATE復現(xiàn)Science Immunology文章的結果在上篇文章中，我們初步探索了PHATE的使用方法，發(fā)現(xiàn)它在揭示一些連續(xù)分化過程中不同細胞狀態(tài)之間的微小局部差異具有很好的效果，同時也能保留細胞全...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個簡單的匯總，主要針對基因集打分，無論是單細胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來總結一下。 研究...
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細胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細胞配受體通識以及常見細胞分泌信號通路[http://www.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細胞間相...
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R包SCENIC:結果可視化與分析
1.鑒定細胞狀態(tài) 以t-SNE圖呈現(xiàn)AUC評分和TF表達情況（即調控元件的活動度） 利用AUC 交互app（Scope） logMat <- e...
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