WGCNA原理和分析流程[http://www.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細胞WGCNA分析方法+隨機森林[h...
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說在前面 我們在前面通過3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s...
老規(guī)矩,推薦大家看官網(wǎng),資料: 官網(wǎng)scMappR:https://cran.r-project.org/web/packages/scMapp...
在單細胞分析當中,經(jīng)常會遇到整合分析的問題,即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(batch effect),那么什么是批次效應呢?簡而言之,批次效應...
年底復盤,發(fā)現(xiàn)很多知識點理解并不深入,想對這些不清晰的知識點重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫測序深度的影響,...
hello,大家好,今天我們要再度深入認識一下批次效應,關于批次效應,我們之前分享了很多了,文章列在這里,供大家參考 10X單細胞(10X空間轉...
在上篇文章中,我們初步探索了PHATE的使用方法,發(fā)現(xiàn)它在揭示一些連續(xù)分化過程中不同細胞狀態(tài)之間的微小局部差異具有很好的效果,同時也能保留細胞全...
hello,大家好,今天周一,做一個簡單的匯總,主要針對基因集打分,無論是單細胞還是空間,基因集打分都很普遍,方法也很多,我們來總結一下。 研究...
細胞配受體通識以及常見細胞分泌信號通路[http://www.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat:細胞間相...
1.鑒定細胞狀態(tài) 以t-SNE圖呈現(xiàn)AUC評分和TF表達情況(即調控元件的活動度) 利用AUC 交互app(Scope) logMat <- e...