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GSEA相關(guān)筆記整理網(wǎng)頁上關(guān)于GSEA富集分析的教程很多，對自己這個生信小白來說比較簡單通俗易懂的當(dāng)數(shù)生信寶典和生信技能樹的教程了。感謝大佬們的付出。下面是自己整理...
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Seurat：計算cluster的細胞比例和繪制堆疊條形圖
計算各個cluster的細胞數(shù)； table(Idents(pbmc)) 定義對應(yīng)每個cluster對應(yīng)的細胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細...
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小記
因為6月份開始備考執(zhí)醫(yī)，加上其他實驗在做，斷更了許久。后續(xù)會慢慢恢復(fù)到生信學(xué)習(xí)的狀態(tài)。最近也在整理自己分析的單細胞數(shù)據(jù)結(jié)果，感覺不是特別滿...
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Seurat （v3.0）object的結(jié)構(gòu)組成assay的slots主要有6個： counts：主要是 counts或者TPKM的raw data，未經(jīng)normalized data：是經(jīng)過...
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如何將Seurat3.0版本的object轉(zhuǎn)換為monocle的CDS
之前Monocle2直接輸入Seurat object只適用于Seuratv2.0版本的Seurat object。官方也在github上的is...
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monocle常用命令總結(jié)
Monocle是單細胞分析的常用R包之一，可進行細胞類型鑒定、差異表達、偽時間分析等。 1.安裝Monocle 支持環(huán)境R3.4以上版本 獲取M...
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找出cluster的差異基因并進行GO和KEGG分析
單細胞測序數(shù)據(jù)經(jīng)Seurat包tsne降維聚類后，得到cluster，如何找出cluster的marker并進行GO、KEGG分析 需要R包：S...
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week2：Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells U...C1和C2代表表達Nr2f2的前體細胞 C1:代表早期前體細胞，來源于 E10.5 ~E13.5的性腺體細胞，主要表達標(biāo)志物Nr2f1，在XY的...
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conda常用命令
剛剛嘗試用conda管理自己用的一些生信軟件，這里記錄常用的一些命令 linux系統(tǒng)上下載并安裝conda： wget -c https://m...