計算各個cluster的細胞數(shù)；

table(Idents(pbmc))

定義對應(yīng)每個cluster對應(yīng)的細胞類型，也可將ident改為相應(yīng)的細胞類型，計算每個細胞類型的細胞數(shù)

計算每個樣本的細胞數(shù)

table(pbmc$sampleID)

table(Seuratobject$slotname)

table(Idents(Seuratobject),Seuratobject$slotname)

$slotname可根據(jù)研究具體分組對每個樣本自行定義

計算細胞比例

prop.table(table(Idents(pbmc)))

prop.table(table(Idents(Seuratobject), Seuratobject$slotname))

繪制堆疊條形圖

cell.prop<-as.data.frame(prop.table(table(Idents(pbmc), pbmc$patient)))

colname(cell.prop)<-c(''cluster","patient","proportion")

ggplot(cell.prop,aes(patient,proportion,fill=cluster))+

geom_bar(stat="identity",position="fill")+

ggtitle("")+

theme_bw()+

theme(axis.ticks.length=unit(0.5,'cm'))+

guides(fill=guide_legend(title=NULL))