第一個(gè)任務(wù)：任意物種拿到轉(zhuǎn)錄本ID 與基因ID的對(duì)應(yīng)關(guān)系列表 從ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了Human的基因組注釋文件gtf文件 1.下載Hu...
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2019-07-31如何獲取轉(zhuǎn)錄本ID和基因ID的對(duì)應(yīng)關(guān)系--生信技能樹 -
Trinotate 半自動(dòng)快速安裝與部署Trinotate半自動(dòng)化安裝與部署，繞過(guò)wget那可憐的下載網(wǎng)速。因?yàn)樽詣?dòng)配置數(shù)據(jù)庫(kù)部分用到了wget ，我租用的服務(wù)器上wget 下載過(guò)慢，...
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DESeq2差異分析need:表達(dá)矩陣 分組矩陣，值要是整數(shù) DESeq2和EdgeR都可用于做基因差異表達(dá)分析，主要也是用于RNA-Seq數(shù)據(jù)，同樣也可以處理類似...
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在stringtie結(jié)果中提取count/fpkm/tpm matrix
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提...
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DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測(cè)序量會(huì)有差異，最簡(jiǎn)單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計(jì)算counts per million (CPM)，即原始read...
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FDR 和 q-value
| 轉(zhuǎn)載自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一個(gè)肝癌預(yù)測(cè)的項(xiàng)目，建模使用的數(shù)據(jù)源在The Cancer Gen...
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RNA-seq(9):功能富集分析這部分開始進(jìn)行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達(dá)值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的、極快的，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流...
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教程 | 簡(jiǎn)單粗暴的葉綠體基因組 SNP Calling 流程寫在前面 最近主要忙一些植物群體基因組數(shù)據(jù)的項(xiàng)目。前面提過(guò)，趕時(shí)間，全基因組的 SNP Calling 使用 GATK 流程，還是需要跑上兩三天...
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多個(gè)Sanger測(cè)序結(jié)果和多序列比對(duì)結(jié)果的可視化寫在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束。事實(shí)上，在每一個(gè)假期，我總是有一些想做的事情，比如完成某個(gè)分析任務(wù)？或者是寫一個(gè)不錯(cuò)的工具。今次假期比較特殊，我...
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