第一個(gè)任務(wù):任意物種拿到轉(zhuǎn)錄本ID 與基因ID的對(duì)應(yīng)關(guān)系列表 從ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了Human的基因組注釋文件gtf文件 1.下載Hu...
投稿
第一個(gè)任務(wù):任意物種拿到轉(zhuǎn)錄本ID 與基因ID的對(duì)應(yīng)關(guān)系列表 從ensemble數(shù)據(jù)庫(kù)中下載了Human的基因組注釋文件gtf文件 1.下載Hu...
Trinotate半自動(dòng)化安裝與部署,繞過(guò)wget那可憐的下載網(wǎng)速。因?yàn)樽詣?dòng)配置數(shù)據(jù)庫(kù)部分用到了wget ,我租用的服務(wù)器上wget 下載過(guò)慢,...
need:表達(dá)矩陣 分組矩陣,值要是整數(shù) DESeq2和EdgeR都可用于做基因差異表達(dá)分析,主要也是用于RNA-Seq數(shù)據(jù),同樣也可以處理類似...
stringtie官網(wǎng)[http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual]提...
差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測(cè)序量會(huì)有差異,最簡(jiǎn)單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計(jì)算counts per million (CPM),即原始read...
| 轉(zhuǎn)載自G. Corey Shan 的 FDR 和 q-value 最近在做一個(gè)肝癌預(yù)測(cè)的項(xiàng)目,建模使用的數(shù)據(jù)源在The Cancer Gen...
這部分開始進(jìn)行基本的富集分析,兩類 A:差異基因富集分析(不需要表達(dá)值,只需要gene name) B: 基因集(gene set)富集分析(不...
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的、極快的,全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流...
寫在前面 最近主要忙一些植物群體基因組數(shù)據(jù)的項(xiàng)目。前面提過(guò),趕時(shí)間,全基因組的 SNP Calling 使用 GATK 流程,還是需要跑上兩三天...
寫在前面 轉(zhuǎn)眼五一假期就要結(jié)束。事實(shí)上,在每一個(gè)假期,我總是有一些想做的事情,比如完成某個(gè)分析任務(wù)?或者是寫一個(gè)不錯(cuò)的工具。今次假期比較特殊,我...