computeGCbias 網(wǎng)頁介紹很詳細(xì)： https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/conte...
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GCbias -
處理NGS的新神器systemPipeR首先附上軟件鏈接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/systemP...
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高性能變異檢測軟件UVC1 摘要 二代測序應(yīng)用于臨床常常需要精確地檢測變異，這篇文章描述了能精確檢測 germline 和 somatic 微小突變的 UVC軟件。通過...
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多款軟件進(jìn)行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進(jìn)行分析，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種...
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SGE 作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)
1、sge提交腳本qsub 2、查詢?nèi)蝿?wù)qstat 3、任務(wù)刪除qdel 4、其他命令 5、bash腳本與Linux環(huán)境變量 6、日志查看 7、...
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SGE 集群搭建
1、一鍵式搭建 python3 -m pip install paramiko python3 installer.py setup pytho...
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腫瘤可變剪切相關(guān)概念基礎(chǔ)概念 RNA可變剪接（alternative splicing）是真核細(xì)胞調(diào)控蛋白表達(dá)的一個重要機制，指轉(zhuǎn)錄形成的前體mRNA通過去除內(nèi)含子...
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一文搞懂堿基質(zhì)量值校正 BQSR1 BQSR定義 Base Quality Score Recalibration(BQSR) 代表堿基質(zhì)量評分再校準(zhǔn)。簡而言之，它是一個數(shù)據(jù)預(yù)...
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癌癥基因組重測序分析三/四第三節(jié)主要內(nèi)容：測序?qū)嶒灹鞒獭y序原理及基本名詞解釋 1. 測序錯誤率原因：Phasing & Pre-phasing 2. 堿基質(zhì)量評估方法：...
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實戰(zhàn)之 mutect2檢測somatic變異流程1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit，是BroadInstitute開發(fā)的用于二代重測序數(shù)...
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