比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據(jù)。 基因組數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備1.基因結(jié)構(gòu)注釋文件， gff/gtf格式2....
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比較基因組分析-數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】三、比對與Peaks Calling這里是佳奧！我們繼續(xù)clean數(shù)據(jù)的比對。 1 使用bowtie2進(jìn)行比對 用bowtie2進(jìn)行比對和統(tǒng)計(jì)比對率, 需要提前下載參考基因組然后使...
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基因結(jié)構(gòu)注釋基因結(jié)構(gòu)注釋的方法包括： 從頭預(yù)測根據(jù)基因結(jié)構(gòu)的特征，基于算法（大多為隱馬爾可夫模型）進(jìn)行預(yù)測 蛋白注釋根據(jù)物種自身（或近源物種）的蛋白序列，進(jìn)...
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自學(xué)Python爬蟲:Python lxml解析庫實(shí)戰(zhàn)
通過編寫一個(gè)簡單的爬蟲程序，進(jìn)一步熟悉 lxml 解析庫的使用。使用 lxml 庫抓取貓眼電影 Top100 榜：下面直接上代碼： 執(zhí)行結(jié)果如下...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】一、分析流程
這里是佳奧！我們又開始了新的分析流程學(xué)習(xí)。 與ChIP-Seq相似，ATAC-Seq也是通過染色質(zhì)片段來進(jìn)行表觀相關(guān)的分析。 我們先來看一下分析...
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【ATAC-Seq 實(shí)戰(zhàn)】五、peaks、motif注釋這里是佳奧！新的一年，ATAC-Seq的學(xué)習(xí)也進(jìn)入了尾聲。 讓我們開始吧！ 1 peaks注釋 統(tǒng)計(jì)peak在promoter，exon，int...
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GO富集分析數(shù)據(jù)來源表達(dá)量差異分析的表格，需要log2（foldchange）,Pvalue,FDR 上下調(diào)基因篩選，上調(diào)基因篩選條件log2（foldch...
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