環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder，然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備...
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「基因組學(xué)」使用CAFE進(jìn)行基因家族擴(kuò)張收縮分析 -
基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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使用snpEff對(duì)VCF進(jìn)行注釋
使用snpEff分為兩種情況，一種是snpEff已經(jīng)構(gòu)建了相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如人類(lèi)和小鼠），另一種是則是snpEff未提供相應(yīng)的數(shù)據(jù)集（例如自己組...
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用snpEff產(chǎn)出的vcf提取4DTv位點(diǎn)，構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)
用snpeff產(chǎn)出的vcf提取4DTv位點(diǎn)，用于構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) 轉(zhuǎn)載自https://blog.csdn.net/u012110870/artic...
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WGD（全基因組復(fù)制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計(jì)算一、4Dtv（四倍簡(jiǎn)并位點(diǎn)顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative)...
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群體遺傳筆記（一）：群體間選擇信號(hào)的檢測(cè)及GO注釋從獲取下機(jī)數(shù)據(jù)做質(zhì)控、比對(duì)，到calling snp獲得vcf文件這一步，網(wǎng)上已經(jīng)有非常詳細(xì)的教程，有GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）...
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群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識(shí)
轉(zhuǎn)載自：http://www.itdecent.cn/p/7d4e4948b623 群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識(shí) 群體（Polulation）：是指生活...
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Fst的計(jì)算原理與實(shí)戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見(jiàn)的內(nèi)容，同時(shí)也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。在很多的遺傳進(jìn)化GWAS的文章中都會(huì)出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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群體遺傳學(xué)專題二之GATK實(shí)戰(zhàn)
寫(xiě)在最前面 本次的GATK實(shí)戰(zhàn)用到的raw data是水稻的，reference是v4版本，具體如下：raw data：EV19-0_HQ_cl...
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