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遺傳分化指數(shù)(Fst)的計算
在群體遺傳學(xué)中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標(biāo)有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數(shù)（Fst），fst是由F統(tǒng)計量演變而來，F(xiàn)統(tǒng)計量主要有三種（F...
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plink格式文件與vcf格式文件相互轉(zhuǎn)化
有的時候在做數(shù)據(jù)分析的時候，會用到各種各樣的分析軟件，而每個分析軟件又有與之相匹配的輸入文件格式。格式不對，會很麻煩，有時候會出現(xiàn)錯誤的結(jié)果，甚...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見的內(nèi)容，同時也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。在很多的遺傳進(jìn)化GWAS的文章中都會出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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利用plink對snp質(zhì)控的指標(biāo)和基本流程
在拿到一組snp數(shù)據(jù)時，首先應(yīng)該想到要對snp數(shù)據(jù)的質(zhì)量進(jìn)行檢測和控制。然后再考慮這組數(shù)據(jù)該怎么分析，如何分析。snp的質(zhì)控是非常重要的，如果s...
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基于r語言利用qqman畫曼哈頓圖和QQ圖
GWAS現(xiàn)在非常的流行，尤其是在復(fù)雜疾病的研究，由于在畜牧的行業(yè)里許多的經(jīng)濟(jì)性狀與我們動物的遺傳育種與繁殖息息相關(guān)。而且許多經(jīng)濟(jì)性狀都是屬于數(shù)量...
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利用R語言做主成分分析（PCA）自學(xué)筆記
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 將多個變量通過線性變換以選出較少個數(shù)重要變量的一種多元統(tǒng)計分析方...
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基于R語言使用xp-ehh做選擇信號分析的個人筆記
自從第一次了解選擇信號之后就對其產(chǎn)生了濃厚的興趣，通過讀文章知道有許多的方法來對基因組上的選擇信號進(jìn)行檢測，比如Fst，EHH，IHS，LD等等...