有的時(shí)候在做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候，會(huì)用到各種各樣的分析軟件，而每個(gè)分析軟件又有與之相匹配的輸入文件格式。格式不對(duì)，會(huì)很麻煩，有時(shí)候會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤的結(jié)果，甚至就不能運(yùn)行程序。而許多軟件之間的文件格式是可以相互轉(zhuǎn)化的。直接轉(zhuǎn)化就可以方便很多。今天就來(lái)講一講plink的ped和map文件與vcf文件的相互轉(zhuǎn)化。因?yàn)樵谠S多情況下這兩種文件格式是需要轉(zhuǎn)化的。

首先介紹一下由plink轉(zhuǎn)vcf

plink --file test --make-bed --out test_1 ###此步是將map和ped文件轉(zhuǎn)換為二進(jìn)制的文件

plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf? ###這樣就把plink文件轉(zhuǎn)換成vcf格式了（很簡(jiǎn)單吧?。?/p>

然后在介紹一下將vcf格式文件轉(zhuǎn)化為plink格式文件

這個(gè)需要下載一個(gè)軟件vcftools，應(yīng)該是基于linux系統(tǒng)的，windows版本的好像沒(méi)有（我一直用linux版本的，windows我沒(méi)有找到）。https://jaist.dl.sourceforge.net/project/vcftools/vcftools_0.1.13.tar.gz（進(jìn)入這個(gè)網(wǎng)址就可以下載vcftools了），我認(rèn)為vcftools是一個(gè)很有用的軟件，比如他還可以計(jì)算遺傳分化指數(shù)（Fst）等。好了閑話少說(shuō)，回歸正題。

vcftools --vcf xx.vcf --plink --out xx

哈哈，這個(gè)比上面的還要簡(jiǎn)單吧。真的說(shuō)不清楚，有時(shí)候程序和軟件真的很奇妙。