做完比對后，最直接的一個問題就是想知道：你的reads比對上了哪些區(qū)域沒比對上哪些區(qū)域，有多少reads比對上特定的區(qū)域(該區(qū)域比對深度)。傳統(tǒng)手藝一般可以使用bedtool...
IP屬地：北京
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比對文件BAM/CAM深度檢測好用工具：Mosdepth
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 應(yīng)該是目前最常用的變異檢測軟件，尤其是在人類基因組上。不過HaplotypeCaller的速度相對于其他軟件，例如bcftools,...
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FastQC的基本介紹FastQC的基本介紹: FastQC是一款基于Java的軟件，它可以快速地對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量評估，其官網(wǎng)為：http://www.bioinformatics.babrah...
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從GEO數(shù)據(jù)下載到limma差異分析，再到topGO富集分析一個失敗案例，不要點(diǎn)進(jìn)來 GSE2034 topGO 1. DEG 1.1 下載GEO數(shù)據(jù) 1.2 表達(dá)矩陣 before: after: 1.3 設(shè)計(jì)矩陣和對比矩陣 1.4...
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群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識
轉(zhuǎn)載自：http://www.itdecent.cn/p/7d4e4948b623 群體遺傳學(xué)基礎(chǔ)知識 群體（Polulation）：是指生活在一定空間范圍內(nèi)，能夠相互交配...
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使用GEMMA進(jìn)行復(fù)雜性狀全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合線性模型的GWAS分析軟件（文獻(xiàn)信息...
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從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考。時間管理某一點(diǎn)：能自動化的工作盡量自動化，不要時間用在毫無意義的重復(fù)上。腦袋好比肌肉，需要不斷提高負(fù)重的鍛煉才能達(dá)到“有...
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GATK4 最佳實(shí)踐-生殖細(xì)胞突變的檢測與識別
歡迎關(guān)注"生信修煉手冊"！ GATK4 對于體細(xì)胞突變和生殖細(xì)胞突變的檢測分別給出了對應(yīng)的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
