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上海唯那生物專注于微生物科研，密碼子學院平臺分享了數(shù)十套微生物生信和實驗操作課程，搜索【密碼子學院】學習課程。
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@姚良飛 一般Fst的負值意義不大
遺傳分化指數(shù)(Fst)的計算
在群體遺傳學中衡量群體間的遺傳分化的程度的指標有許多種，較為常見的就是遺傳分化指數(shù)（Fst），fst是由F統(tǒng)計量演變而來，F(xiàn)統(tǒng)計量主要有三種（FIS，F(xiàn)IF，F(xiàn)ST）。Fst...
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@小灰灰不會飛那又怎樣 謝謝你，請問這個bed文件又是什么呢，我現(xiàn)在只有bam文件
基因融合 — step2 Delly 軟件
一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
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@fatlady 我看到里面只有一些模式動物的，比如人的，小鼠的，果蠅等等，但是如果我想做其他物種的，這個文件應該去那里找呢？
CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，檢測結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
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筆者你好，我想了解一下這個-x參數(shù)后面的.excl文件，我看delly里面給的只有人，果蠅，小鼠，和酵母的文件，如果我想做其他物種的比如牛的或者狗的SV檢測，那這個文件我應該去哪里找呢？謝謝
CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，檢測結(jié)構(gòu)變異。 寫在前面 Delly is an integrated ...
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筆者你好，我想了解一下這個-x參數(shù)后面的.excl.tsv文件，我看delly里面給的只有人，果蠅，小鼠，和酵母的文件，如果我想做其他物種的比如牛的或者狗的SV檢測，那這個文件我應該去哪里找呢？謝謝
基因融合 — step2 Delly 軟件
一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
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@牛頓大尉 教程都寫在帖子里面了
基于R語言使用xp-ehh做選擇信號分析的個人筆記
自從第一次了解選擇信號之后就對其產(chǎn)生了濃厚的興趣，通過讀文章知道有許多的方法來對基因組上的選擇信號進行檢測，比如Fst，EHH，IHS，LD等等方法都可以檢測選擇信號，但是我...
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樓主你好，因為我們計算的TOM矩陣中的兩個基因之間的值就是后面輸出到cytoscape軟件中的weight值，但是每兩個基因之間都會有有一個權(quán)重值，就導致了每兩個基因之間都會有一條邊，所應該設(shè)定一個閾值，把一些weight值較小卡掉，但是這個閾值怎么設(shè)置，設(shè)置為多少才能認為兩個基因之間存在關(guān)系。
WGCNA實例分析及解讀（附代碼）
WGCNA分析基于兩個假設(shè)：1.相似表達模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無尺度分布?；谶@兩點，可以將基因網(wǎng)絡(luò)根據(jù)表達相似性劃分為不同的模塊...
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筆者你好，我也遇到了問題，就是如何確定這個聚類c的個數(shù)，c的最佳值應該怎么確定呢？有沒有一個標準呢？
Mfuzz的使用
最近在進行ATAC和RNA-Seq的聯(lián)合分析，由于處理的材料是時間相關(guān)的，所以time-course也是一個可以分析的點。在一位劉潛老哥的幫助下，我找到了一篇靠譜熊 轉(zhuǎn)錄組時...
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筆者你好，我在用biomart這個R包取基因的3utr的時候發(fā)現(xiàn)有些基因的結(jié)果是“Sequence unavailable”，是怎么回事。這個基因沒有3utr嗎？
biomaRt: 用R愉快檢索BioMart數(shù)據(jù)庫
網(wǎng)速慢的原因找到了 R 與 BioMart 數(shù)據(jù)庫的語言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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這個數(shù)據(jù)庫可以預測豬的轉(zhuǎn)錄因子和miRNA 的調(diào)控關(guān)系嗎？
TransmiR:轉(zhuǎn)錄因子和miRNA調(diào)控關(guān)系數(shù)據(jù)庫
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊”! mRNA可以翻譯成各種功能的蛋白，其中有一類研究調(diào)控蛋白研究的非?；馃?，即轉(zhuǎn)錄因子transcription factor, 簡稱TF,TF參與調(diào)...
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@六六_ryx 請問這個cytoscape的閾值設(shè)置與前面的軟閾值有關(guān)系嗎這兩個？？就是輸出到cytoscape中的weight值的閾值與確定軟閾值的R2值要一致嗎？？
STEP6:WGCNA相關(guān)性分析
因為樣本數(shù)量比較可觀，所以可以進行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來做WGCNA分析，挑選的標準可以是top變異程度大的基因集合，或者顯著差異表達的基因集合等等。...
