WGCNA 分析確定重要模塊之后,如何找模塊內(nèi)的hubgene? 想找hubgene,必須先理解其概念:網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置的點(diǎn)(基因)。在WGC...
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WGCNA 分析確定重要模塊之后,如何找模塊內(nèi)的hubgene? 想找hubgene,必須先理解其概念:網(wǎng)絡(luò)中處于核心位置的點(diǎn)(基因)。在WGC...
本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上,...
WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè):1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路,2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無(wú)尺度分布?;谶@兩點(diǎn),可以將基因網(wǎng)絡(luò)...
在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理,這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)。 WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書(shū) (jia...
在前兩篇帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入清洗,以及一步法構(gòu)建網(wǎng)絡(luò),這篇文章將介紹網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的第二種方法,分步法。WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -...
前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián),從而識(shí)別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -...
在前面的帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和清洗,網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的兩種方法,模塊與性狀的關(guān)聯(lián),這篇文章將介紹如果進(jìn)行模塊可視化。WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)...
這篇文章是WGCNA系列的最后一篇,其余見(jiàn)鏈接:WGCNA(1):R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[https://...
通過(guò)前期的分析,我們確定了感興趣的module,但是module中又含有幾十甚至上百的基因,下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA(...