本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上,...
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本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程,參考了最新的文檔。第一全的還在路上,會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上,...
WGCNA其譯為加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析。該分析方法旨在尋找協(xié)同表達(dá)的基因模塊(module),并探索基因網(wǎng)絡(luò)與關(guān)注的表型之間的關(guān)聯(lián),以及網(wǎng)絡(luò)中的...
I. Network analysis of liver expression data from female mice: finding m...
劉小澤寫(xiě)于18.10.24最近開(kāi)始寫(xiě)第一篇英文小論文,練練手,為將來(lái)寫(xiě)英文大論文做準(zhǔn)備 目錄 1 背景 Background Types of ...
這篇文章更多的是對(duì)于混亂的中文資源的梳理,并補(bǔ)充了一些沒(méi)有提到的重要參數(shù),希望大家不會(huì)踩坑。 1. 簡(jiǎn)介 1.1 背景 WGCNA(weight...
劉小澤寫(xiě)于18.10.10很早就見(jiàn)過(guò)它,但只是不明覺(jué)厲,直到昨天才開(kāi)始認(rèn)真了解是這樣的:昨天上午看了一篇文獻(xiàn),講冠心病的基因共表達(dá)分析,簡(jiǎn)而言之...
什么是WGCNA 1 樣本聚類(lèi),查看是否有離群值 2. 找構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)合適的閾值 左圖縱軸:相關(guān)系數(shù)的平方,越高說(shuō)明該網(wǎng)絡(luò)越逼近無(wú)網(wǎng)絡(luò)尺度的分布。右...
生信菜鳥(niǎo)團(tuán)https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk0Ng==&mid=2247484540&id...
原理:WGCNA算法首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無(wú)尺度分布,并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣、基因網(wǎng)絡(luò)形成的鄰接函數(shù),然后計(jì)算不同節(jié)點(diǎn)的相異系數(shù),并據(jù)此構(gòu)建分層...
現(xiàn)在做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,看看差異基因,做做富集分析,再討論下差異基因功能與自己研究性狀或處理之間的關(guān)系,最后加簡(jiǎn)單的qPCR驗(yàn)證,這樣的數(shù)據(jù)發(fā)SCI影...